Grippe porcine : voici pourquoi elle pourrait revenir

Imaginez la scène : une radio crépite dans la vie. On peut entendre un accent britannique sur la BBC World Service, en faisant une annonce. Selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), le nombre de décès dus à la maladie a augmenté de plus de 700 cette semaine, pour atteindre 5 700 personnes, indique le radiodiffuseur. En Europe, l'Ukraine ferme des écoles et des cinémas tout en interdisant les rassemblements publics. En Grande-Bretagne, les cas doublent chaque semaine. Aux États-Unis, le président déclare l'urgence nationale.

Cela ressemble à une émission bien trop familière aujourd'hui, mais ces événements ont eu lieu en octobre 2009, lorsque le monde a connu sa dernière pandémie - la grippe porcine.

On pense que le virus H1N1 a commencé son voyage mortel chez les porcs d'une petite région du centre du Mexique en janvier 2009. En mars, les premiers cas ont été signalés en Californie et au Texas. En juin, il était présent dans 74 pays du monde entier. Un an plus tard, lorsque l'OMS a déclaré la fin de la pandémie, entre 151 700 et 575 400 personnes étaient mortes.

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Un effort mondial massif de vaccination mené par les États-Unis a permis de mettre fin à la pandémie, mais le virus H1N1 est toujours présent. Chaque année, il circule comme une grippe saisonnière, provoquant des maladies, des hospitalisations et des décès.

Les scientifiques du monde entier surveillent la grippe H1N1 et d'autres grippes porcines pour mieux comprendre comment ces maladies commencent et pour trouver comment arrêter le prochain virus avant qu'il ne devienne une pandémie. Mais arrêter un virus est un travail complexe, rendu encore plus difficile par l'activité humaine : de la façon dont nous produisons notre nourriture à la façon dont nous voyageons.

Pour mieux comprendre ce à quoi nous sommes confrontés, une collaboration massive a été mise en place dans 2 500 élevages porcins européens, avec un échantillonnage de plus de 18 000 porcs individuels. Les scientifiques impliqués ont constaté que les virus de la grippe A - ceux qui peuvent devenir des virus pandémiques humains - étaient présents dans plus de 50 % des exploitations qu'ils ont visitées, en particulier dans les zones de production porcine intense, notamment au Danemark, en Bretagne, dans le nord-ouest de l'Allemagne et aux Pays-Bas.

En d'autres termes, ils ont constaté qu'une pandémie était en attente.

Les éléments constitutifs d'une pandémie

Au nord-est de l'Allemagne, à l'endroit où la terre rencontre la mer Baltique, se trouve la petite île de Riems. L'accès se fait par une chaussée, et non par accident. L'île de Riems abrite la plus ancienne institution de recherche sur les virus au monde, fondée en 1910 par le scientifique Friedrich Loeffler. Les mesures de biosécurité modernes signifient que les instituts de recherche sur les virus peuvent être basés presque partout, mais en 1910, après que de trop nombreuses maladies aient trouvé leur chemin de son laboratoire vers la communauté locale, Loeffler a décidé qu'il était préférable de s'installer sur une île. Aujourd'hui, l'Institut Friedrich Loeffler (FLI) est le premier centre allemand de recherche sur les maladies animales.

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Il faut environ 30 minutes pour faire le tour de l'île à pied, en passant devant de grands bâtiments carrés abritant les laboratoires, les installations d'expérimentation animale et les enclos des animaux, qui abritent des porcs, des poulets, des bovins et une zone d'élevage de sangliers. À l'extrémité du terrain se trouve l'enclos des canards, où des équipes surveillent les tendances de la grippe aviaire et les nouvelles souches de virus, en attirant les oiseaux sauvages pour qu'ils s'arrêtent lors de leurs voyages migratoires. Des milliers de grues, de canards sauvages et d'oies passent par cette zone chaque année.

Martin Beer travaille ici depuis 20 ans. Il est l'un des scientifiques qui ont commencé à créer et à tester rapidement des vaccins lorsque la pandémie de grippe porcine de 2009 a frappé, et il est maintenant à la tête de l'Institut de virologie diagnostique. C'est son équipe qui a mené à bien l'exercice d'échantillonnage massif des porcs européens.

Jusqu'à présent, ils ont trouvé quatre virus de la grippe en circulation qui possèdent déjà certains des éléments qu'ils appellent les "éléments constitutifs" d'une pandémie. Il s'agit de virus qui peuvent infecter les humains, qui ont le potentiel de se propager d'homme à homme et pour lesquels il n'existe ni vaccination ni immunité innée. Actuellement, aucun des virus découverts ne possède tous les éléments constitutifs nécessaires. Mais si l'un de ces virus parvient à s'adapter, la probabilité d'une nouvelle pandémie est importante.

L'équipe a également constaté que la prévalence de ces virus chez les porcs augmente au fil du temps.

"Notre première surprise dans ce programme de surveillance est que... environ 30% des porcs étaient positifs pour le virus de la grippe A. C'est beaucoup", déclare M. Beer. Les porcs, comme les humains, sont sensibles à plus de virus lorsqu'ils sont jeunes car ils n'ont pas encore eu le temps d'accumuler les anticorps nécessaires pour les combattre. Dans le système européen de production intensive de viande de porc, les porcs ne vivent que six mois avant d'être tués. Ils ne sont pas encore assez âgés pour combattre la plupart des virus de la grippe, c'est pourquoi "vous avez beaucoup de porcs très sensibles", explique M. Beer. Plus de 257 millions de porcs par an, en fait.

Mais l'Europe a des avantages qui la rendent moins sujette aux maladies humaines que certaines régions du monde. C'est un continent riche qui dispose de bons systèmes de santé dans beaucoup de ses pays, qui abrite certains des plus grands scientifiques du monde et qui a généralement un climat tempéré.

Ces facteurs n'immunisent pas la région contre une pandémie, comme nous le savons très bien.

Traditionnellement, l'homme a développé des systèmes agricoles adaptés à notre environnement. Mais cela a changé. L'augmentation de la population s'est accompagnée d'une hausse de la demande en sources de protéines. L'Europe essaie de produire plus de viande de porc, plus rapidement que jamais, et cette demande crée de nouvelles maladies.

Timm Harder, collègue de M. Beer, dirige le laboratoire de référence pour la grippe animale au FLI et est co-auteur du rapport de surveillance. Selon lui, il existe un lien entre la façon dont l'Europe produit des protéines et les virus qu'elle observe.

"En 1995, une exploitation porcine de 200 truies était une exception. Aujourd'hui, nous avons des exploitations de 2000 et 20 000 truies. C'est une augmentation brute de la taille des exploitations. C'est quelque chose qui change l'épidémiologie des virus de la grippe", dit-il.

Il y a vingt ans, si un nouveau virus était apparu dans un petit élevage de porcs, il se serait probablement dissipé rapidement, sans avoir de nombreux hôtes à infecter. Plus maintenant, selon M. Harder. "Dans une grande exploitation, il y a des centaines de porcelets nouveau-nés chaque jour. Un virus de la grippe, une fois introduit, se perpétue constamment. Vous le trouverez au fil des ans, tout au long de l'année", dit-il.

Avec l'élevage intensif et croissant des porcs, les humains contribuent à modifier le mode de fonctionnement des virus de la grippe et à les maintenir actifs plus longtemps. "C'est un très beau terrain de jeu pour les virus", dit M. Harder.

Une boîte de pétri pour la maladie

La bonne nouvelle, c'est que si vous êtes en bonne santé, le fait d'attraper la grippe H1N1 maintenant entraînera probablement de légers symptômes de grippe qui passeront dans quelques semaines.

La mauvaise nouvelle, c'est que les virus de la grippe peuvent passer d'une espèce à l'autre et se mélanger à d'autres souches de grippe. Ce sont ces nouvelles concoctions qui inquiètent les scientifiques : elles ont la capacité de provoquer les problèmes de santé importants, la mort et les perturbations mondiales que nous observons avec le Covid-19.

Et il s'avère que les porcs sont un récipient de mélange idéal pour ces nouvelles souches.

"Nous savons que les porcs ne sont généralement pas à l'origine du virus, mais qu'ils agissent comme une boîte de Petri, mélangeant les influences des humains, des oiseaux et peut-être d'autres espèces et créant ensuite des concoctions plus mortelles qui peuvent se propager à d'autres espèces", explique Nicola Lewis, collaboratrice au projet d'échantillonnage européen et professeur de biologie évolutionniste au Collège vétérinaire royal du Royaume-Uni.

En fait, dit-elle, la principale raison d'avoir autant de souches de grippe chez les porcs européens est que les humains infectent les porcs avec leur propre grippe saisonnière chaque année. C'est pourquoi il est conseillé aux éleveurs de porcs de se faire vacciner chaque année contre la grippe. Mais ce problème ne touche pas seulement les porcs européens : partout dans le monde, les humains et les porcs partagent et mélangent leurs virus.

Avec des centaines de milliers d'hôtes parmi lesquels choisir, ces virus peuvent sauter et s'adapter en permanence. Cette évolution rapide des virus de la grippe rend le travail de personnes comme Beer, Harder et Lewis incroyablement compliqué ; ils travaillent avec une cible en constante évolution.

Non seulement les porcs mélangent les virus d'autres espèces comme les humains et les oiseaux, mais ils mélangent aussi les virus entre eux. Les porcs d'Europe ont des souches de grippe différentes de celles des porcs d'Asie, par exemple, et lorsque ces deux races se rencontrent, elles peuvent s'infecter mutuellement pour créer de nouvelles maladies.

En 2009, on pense que les échanges de porcs sur de longues distances entre le Mexique, les États-Unis et l'Europe ont permis la formation d'une nouvelle souche de grippe, qui a infecté des jeunes de la région qui n'avaient pas d'anticorps avant de se propager rapidement dans le monde entier. "Le commerce d'animaux joue un rôle crucial dans le rassemblement de divers virus provenant de différents continents, qui peuvent ensuite se combiner et générer de nouveaux virus pandémiques", écrivent les auteurs d'un rapport de 2016 sur les origines de la pandémie de 2009.

Sur le continent européen, les porcs ne se déplacent pas beaucoup. Mais en Amérique du Nord, les porcs sont déplacés régulièrement : ils peuvent naître en Caroline du Nord et être tués dans un abattoir du Midwest parce qu'il se trouve à proximité de la ferme céréalière dont ils se nourrissent.

"Certaines influences évoluent deux fois plus vite qu'en Amérique du Nord à cause de ce [mouvement]", explique M. Lewis.

La Chine est un autre exemple. Le pays importe régulièrement des porcs d'autres parties du monde pour la reproduction ou pour repeupler les stocks de porcs qui ont été anéantis par la maladie.

Ce faisant, ils pourraient importer de nouveaux virus que leurs porcs n'ont pas encore rencontrés, des virus qui peuvent nuire aux humains.

Cela est particulièrement inquiétant quand on sait qu'un nombre record de porcs dans le monde sont actuellement abattus par une maladie appelée peste porcine africaine (PPA).

Une pandémie dans une pandémie

En septembre 2020, Egbert Gleich, qui travaille pour le département des forêts, vient de recevoir la mauvaise nouvelle que la peste porcine africaine a traversé la frontière polonaise et se trouve maintenant dans la forêt de Brandebourg en Allemagne - une zone de 1,1 million d'hectares remplie de pins, de renards rouges et, surtout, de sangliers. Il pense que c'est le sanglier qui a transporté la maladie ici.

C'est le travail de Gleich d'essayer d'arrêter la spirale de la peste porcine africaine. "Nous devons rechercher toutes les carcasses, et je vais travailler sur les pièges à sanglier pour la prévention", dit-il.

C'est une tâche énorme : La peste porcine africaine est un virus très contagieux qui peut survivre pendant des mois chez un hôte infecté. Heureusement, la PPA n'infecte pas les humains. Mais son impact sur les porcs a été considérable. En 2019, il a été signalé que la maladie avait déjà tué un quart des porcs du monde, dont la moitié de la population porcine chinoise. En 2019, la Chine augmentait massivement ses importations de porcs en provenance du Brésil et de l'Europe pour combler l'énorme déficit d'approvisionnement en viande causé par les décès dus à la PPA.

La PPA illustre également le lien entre les mesures prises par l'homme et les maladies dont nous, ou les animaux, souffrons.

Avec le réchauffement de la planète dû à l'activité humaine, les populations de sangliers ont prospéré. Il y a quelques années, un hiver froid aurait gelé le sol, limitant l'accès aux racines, aux bulbes, aux noix et aux graines dont les sangliers se nourrissent habituellement et tuant une grande partie de la population. Aujourd'hui, les hivers sont plus doux et les sangliers ne meurent pas : ils se rapprochent des villes où ils ont appris qu'il y a suffisamment de nourriture et d'abris. "C'est une espèce intelligente avec un taux de reproduction élevé, et nous leur donnons tout ce dont ils ont besoin", explique Sandra Blome, qui dirige le laboratoire national de référence pour la peste porcine africaine au FLI de Riems.

Il en résulte qu'il y a maintenant des millions de sangliers en Europe, chacun ayant la même capacité de mélanger des virus puissants et de les recracher dans d'autres espèces. Nombre d'entre eux sont désormais atteints de la peste porcine africaine et, en se déplaçant sur le continent et en entrant en contact avec des porcs industriels, ils infectent les troupeaux. Les porcs domestiques meurent, les populations doivent être reconstituées, de nouveaux virus sont déplacés et partagés, et les humains sont à un pas de la prochaine pandémie.

Mais lorsqu'il s'agit de savoir comment l'homme augmente les risques de contagion, ce n'est que la partie émergée de l'iceberg. En Asie, par exemple, les élevages de porcs sont encore plus intensément peuplés qu'en Europe, et la maladie est propagée par la pratique controversée (et dans de nombreux pays, illégale) consistant à nourrir les porcs avec le sang et les restes d'autres porcs morts. Ceux-ci sont souvent, à l'insu de l'éleveur, infectés par la PPA. "C'est comme une expérience d'infection", explique M. Beer.

En attendant, la PPA existe en Europe en premier lieu à cause de l'activité humaine. Autrefois, ce virus ne s'attaquait qu'aux phacochères d'Afrique de l'Est, mais il a été introduit sur le continent européen, probablement par des navires en provenance de l'Angola colonisé et se rendant au Portugal en 1957. Il a de nouveau été introduit par l'homme en Géorgie en 2007, par le biais de viande contaminée consommée par des sangliers. De là, la maladie s'est répandue dans toute la Russie et l'Europe de l'Est, des sangliers et des carcasses infectés ayant été retrouvés jusqu'en Belgique.

Comme les humains ne sont pas affectés par la PPA, vous ne le sauriez pas si vous mangiez un hamburger de porc infecté par cette maladie. Mais jetez les restes dans une benne à ordures pour qu'un sanglier les renifle et deux jours plus tard, ce sanglier sera probablement mort - après avoir infecté quelques-uns de ses amis les plus proches et sa famille.

Une partie de la solution semble consister à abattre les sangliers en Europe. Mais de mauvaises pratiques de chasse peuvent en fait contribuer à la propagation de la maladie, les chasseurs et leurs chiens entrant en contact avec le sang de sanglier et le transportant ensuite ailleurs. Il n'est pas si facile de dire : "Éradiquons le sanglier et nous n'aurons plus de problème", déclare Blome, qui est elle-même chasseuse. Elle souligne que le sanglier joue également un rôle important dans l'écosystème, en décomposant le sol qui aide les jeunes arbres à trouver de l'espace pour pousser, en mangeant les carcasses d'autres animaux et en constituant une source de nourriture pour les prédateurs.

La solution, selon Mme Blome, consiste à disposer d'une boîte à outils contenant des méthodes pour lutter contre la maladie, de la détection précoce aux vaccinations. Au FLI, elle et son équipe dirigent une unité d'élevage de sangliers sauvages, testant de nouveaux candidats à la vaccination et essayant de comprendre quelles sont les différences, le cas échéant, entre les sangliers et les porcs en ce qui concerne leur capacité à lutter contre la maladie.

Dans la forêt où la PPA est entrée en Allemagne, un ensemble d'équipements de haute technologie, dont des drones, des hélicoptères et des systèmes de détection infrarouge, est utilisé pour tenter de trouver des carcasses et de les retirer de l'environnement. Fin octobre, M. Blome a déclaré qu'ils avaient déjà trouvé plus de 90 carcasses en un peu plus d'un mois.

Blome et ses collègues collaborent maintenant avec des scientifiques travaillant dans la forêt nationale bavaroise pour mieux comprendre la maladie. Toutes les trois semaines depuis juillet, Marco Heurich et son équipe ont abattu trois sangliers en bonne santé et ont placé les carcasses dans la forêt. Ils prennent des photos et des vidéos pour surveiller le processus de décomposition.

"Nous essayons de déterminer quatre questions fondamentales", dit-il. Premièrement, combien de temps la PPA peut-elle survivre dans une carcasse. Deuxièmement, si le virus peut survivre dans le sol et pendant combien de temps. Troisièmement, pendant combien de temps les animaux sont encore assez chauds pour se distinguer de leur environnement avec un drone. Et quatrièmement, s'il existe des espèces de charognards qui emportent les parties mortes de l'animal et qui, ce faisant, propagent la maladie plus loin. Ces détails donneraient aux scientifiques de meilleures chances d'arrêter la maladie.

Malgré tous ces travaux sur les sangliers, "le mécanisme de propagation le plus important est l'homme", explique M. Heurich. La PPA "est très infectieuse - la plupart des animaux meurent, et ils meurent rapidement". Les humains, cependant, la propagent et font en sorte que la maladie se propage rapidement".

État de la surveillance

Dans le meilleur des cas, il est difficile de suivre l'évolution de ces maladies au fur et à mesure qu'elles s'adaptent et se propagent, mais il y a aussi d'autres défis à relever.

Malgré les ravages causés par la grippe porcine sur la santé humaine dans le passé, il ne s'agit pas d'une maladie "à déclaration obligatoire". En d'autres termes, les éleveurs ne sont pas tenus de soumettre des échantillons de leurs porcs à des tests. Les 18 000 échantillons de porcs prélevés par Harder et Beer dans le cadre de leur travail de surveillance en Europe ont tous été collectés sur une base volontaire.

C'est différent de la grippe aviaire, par exemple, qui est une maladie à déclaration obligatoire et pour laquelle les éleveurs sont légalement tenus de signaler toute maladie suspecte au gouvernement.

Une difficulté supplémentaire réside dans le fait que les porcs font vivre des millions de personnes. Les éleveurs doivent trouver un équilibre entre le contrôle de toute maladie respiratoire et la vaccination et le coût de ces mesures, explique M. Lewis. De plus, l'idée que les porcs sont porteurs de maladies peut être mauvaise pour les affaires - c'est pourquoi M. Lewis et d'autres experts en santé publique affirment qu'en 2009, certains éleveurs ont en fait cessé de rechercher la maladie dans leurs troupeaux et sont restés résistants à cette idée depuis.

M. Beer estime qu'il est temps pour l'Europe d'introduire un programme de surveillance obligatoire. "Nous avons besoin d'une surveillance continue, en examinant le développement des différentes souches, pour nous aider à faire des prévisions", dit-il.

Les travaux d'échantillonnage et de surveillance que M. Beer et ses collègues ont réalisés jusqu'à présent leur ont permis de créer une importante collection de nouveaux virus de la grippe porcine, en détaillant leurs propriétés biologiques et génétiques. Ils utilisent ensuite EpiFlu, une base de données internationale sur la grippe comportant plus d'un million de séquences, pour comparer leurs virus. "Cela vous donne une idée de ce que sont les virus les plus apparentés et d'où proviennent les composants génétiques du virus", explique M. Beer.

Grâce à ces informations, M. Beer et son équipe peuvent comprendre plus rapidement les virus et commencer à sélectionner ceux qui présentent un potentiel pré-pandémique pour créer des prototypes de vaccins - des antidotes prêts à être produits à l'échelle si une maladie passait du porc à l'homme.

Cela pourrait ne pas suffire à prévenir la prochaine pandémie, selon M. Beer. Mais cela pourrait certainement nous aider à créer et à diffuser un vaccin beaucoup plus rapidement que ce qui est actuellement possible. Nous pouvons être "mieux préparés, nous pouvons améliorer notre temps de réaction... et nous pouvons influencer l'impact d'une pandémie", dit Mme Beer.

Il n'en reste pas moins que ce travail demande du temps et des fonds - deux ressources qui peuvent être loin d'être abondantes.

Changer notre façon d'élever les porcs et d'interagir avec le bétail pourrait être une autre intervention importante. En octobre 2020, le conseil consultatif de Eat, une association à but non lucratif qui milite pour la transformation du système alimentaire, a publié une lettre ouverte au G20, affirmant que l'expansion de l'élevage industriel et de l'agriculture non durable augmente le risque de propagation du virus des animaux aux humains. "Tous les éléments dont nous disposons aujourd'hui montrent que si nous voulons assurer une reprise solide après la crise du Covid-19, éviter de futures pandémies et avoir une chance de réaliser les objectifs de développement durable et l'accord de Paris, nous devons nous concentrer sur l'alimentation", affirme la lettre.

Il y a eu un mouvement plus large visant à abandonner l'élevage industriel et à élever de plus petits groupes de porcs dans des environnements plus verts, ainsi qu'une évolution vers une agriculture plus saine et plus durable. Ces idées constituent un élément clé de la stratégie "de la ferme à la fourchette" du Green Deal européen. Au niveau international, des organisations comme Farm Forward fournissent des fonds aux communautés des pays en développement où l'élevage industriel est en plein essor, afin de leur permettre de conserver leur indépendance et de protéger leurs exploitations rurales, jugées plus pandémiques et plus respectueuses de l'environnement.

Ces changements peuvent prendre du temps. En attendant, je demande à Lewis ce qui la tient éveillée la nuit. "Je suis très préoccupée par tous les virus présents chez les porcs dans le monde entier", dit-elle. "Nous avons besoin de beaucoup plus d'informations sur ce qui existe."

Plus nous en savons sur une maladie, mieux nous sommes placés pour éviter sa propagation. Mais notre système est complexe et connecté. Nous ne vivons pas dans des silos - nous ne pouvons pas détacher les maladies de l'Europe de celles de l'Asie, ou celles du Mexique des États-Unis, et il est presque impossible de se tenir au courant de tous les virus. "Nous nous contentons de rattraper notre retard, et cela change", explique M. Lewis.

Pour que tout le travail de la communauté scientifique puisse arrêter les retombées, des changements bien plus importants - sur le plan social, réglementaire et environnemental - pourraient être nécessaires pour éviter la prochaine pandémie.

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Ce reportage, qui fait partie de notre série "Stopping the Next One", a bénéficié d'un financement du Centre Pulitzer.