COVID : trois faits essentiels que nous ne connaissons toujours pas après deux ans de pandémie

"Plus nous répondons à des questions, plus de nouvelles questions importantes surgissent", explique le Dr Seema Lakdawala, professeur de microbiologie et de génétique moléculaire à l'Université de Pittsburgh.

Le Dr Lakdawala fait référence à la course pour décrypter le SRAS-CoV-2 dans laquelle des scientifiques comme elle se sont lancés depuis décembre 2019, alors que le virus commençait alors tout juste à se propager.

Plus de deux ans plus tard, les chercheurs ont fait de grandes avancées, qui ont permis de développer des vaccins et des traitements pour lutter contre le COVID-19.

Toutefois, comme l'indique l'expert, il reste des questions fondamentales et de nombreuses inconnues.

Résoudre ces mystères, selon les experts, renforcerait la lutte contre la pandémie.

Voici 3 données clés du SRAS-CoV-2 pour lesquelles il n'y a toujours pas de réponse définitive.

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1. L'origine précise du virus

"La source de l'épidémie n'a pas encore été déterminée", indique l'Agence britannique de sécurité sanitaire sur son site internet.

En février 2021, une équipe de l'OMS chargée d'enquêter sur les origines du Covid s'est rendue en Chine et a conclu que le virus provenait probablement des chauves-souris, mais que des recherches supplémentaires étaient nécessaires.

Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l'OMS, a déclaré que l'enquête avait été entravée par le manque de données et de transparence de la Chine.

L'une des conclusions de l'enquête de l'OMS était qu'il était "extrêmement improbable" que le virus ait atteint l'homme en raison d'un incident survenu dans un laboratoire.

Tedros a toutefois déclaré par la suite que cette conclusion était "prématurée" et, dans un éditorial publié dans la revue Science en octobre, il a affirmé que "l'on ne peut exclure un accident de laboratoire tant que l'on ne dispose pas de preuves suffisantes."

Le même mois, l'OMS a réuni une équipe d'experts qui ont rejoint le Groupe consultatif scientifique sur les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO).

La mission du SAGO est de déterminer si le virus est passé de l'animal à l'homme sur les marchés de Wuhan ou s'il s'est échappé lors d'un accident de laboratoire.

Le groupe SAGO a tenu sa première réunion en novembre 2021.

Tedros explique que les conclusions de groupes comme SAGO peuvent être utiles pour élaborer des politiques qui réduisent la possibilité que des virus animaux soient transmis aux humains.

Fin octobre, les services de renseignement américains ont déclassifié un rapport indiquant qu'ils pourraient ne jamais être en mesure d'identifier les origines du virus SRAS-CoV-2.

Le document exclut que le virus ait été créé comme une arme biologique et considère la transmission de l'animal à l'homme et une fuite en laboratoire comme les hypothèses les plus plausibles.

Le rapport précise toutefois qu'il n'est parvenu à aucune conclusion définitive.

La Chine a vigoureusement rejeté la théorie selon laquelle le virus aurait fait l'objet d'une fuite lors d'un accident de laboratoire.

Dans un article publié en novembre 2021 sur le portail Stat News, John P. Moore, professeur de microbiologie et d'immunologie à l'université Cornell, affirme que "nous ne connaîtrons peut-être jamais l'origine du Covid-19".

Moore ajoute que d'autres théories plus "farfelues" ont émergé, qui peuvent être écartées, et que le débat se centre aujourd'hui entre la transmission naturelle du virus et la filtration depuis un laboratoire.

2. La dose infectieuse du virus

La dose infectieuse est la quantité de virus nécessaire pour qu'une infection se produise.

Dans le cas du SRAS-CoV-2, cette dose n'est pas connue, c'est-à-dire que l'on ne sait pas exactement combien de particules virales inhalées suffisent pour qu'une personne soit infectée.

"La dose infectieuse de SRAS-CoV-2 nécessaire pour transmettre l'infection n'a pas été établie", indiquent les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis (CDC).

Les CDC indiquent également que les études animales et les enquêtes épidémiologiques montrent que l'inhalation du virus peut provoquer l'infection, mais que l'inhalation du virus ou son contact avec les muqueuses (comme les yeux) "reste non quantifiée et sera difficile à établir".

"La dose infectieuse du SRAS-CoV-2 chez l'homme est une quantité très difficile à mesurer sans infecter expérimentalement des humains", explique à BBC Mundo le Dr Lakdawala, spécialiste des virus respiratoires à potentiel pandémique.

Avec certains virus, comme ceux qui causent la grippe, il faut qu'une personne soit exposée à 10 particules du virus pour être infectée, alors que pour d'autres virus, comme le MERS, des milliers de particules sont nécessaires pour provoquer l'infection.

Dans le cas du SRAS-CoV-2, cette quantité n'est pas connue.

M. Lakdawala explique que ce qui s'en rapproche le plus provient du virus 229e, un type de coronavirus qui cause le rhume et dont la dose infectieuse est similaire à celle de la grippe aviaire.

"Mais on ne sait pas si la même chose se produit avec le SRAS-CoV-2", explique l'expert.

"Dans le cas du variant Omicron, il n'est pas clair si il est plus infectieux car moins de particules sont nécessaires pour être infecté".

"Nous ne savons pas s'il faut 100 particules, 1000 particules ou 10 000 particules pour être infecté".

Le Covid-19 est clairement très contagieux, mais cela peut être dû au fait que peu de particules sont nécessaires pour être infecté (la dose infectieuse est faible), ou parce que les personnes infectées libèrent une grande quantité de virus dans leur environnement, explique l'expert.

Actuellement, la plupart des informations sur le potentiel infectieux d'une personne et les mesures d'isolement sont basées sur la durée pendant laquelle la personne continue à excréter des virus.

C'est pourquoi, explique M. Lakdawala, en savoir plus sur la dose infectieuse du virus pourrait servir à mieux évaluer les risques dans des espaces tels que les restaurants ou les écoles, et en fonction de la durée de séjour des personnes dans certains lieux.

"Pour l'instant, nous nous contentons d'être prudents et d'essayer d'éviter la transmission, mais connaître la quantité de virus nécessaire pourrait permettre d'améliorer certaines mesures", explique l'expert.

Et de conclure que, bien que la dose infectieuse ne soit pas connue, "avec les vaccins, la quantité de virus nécessaire pour être infecté est probablement plus élevée."

"Avec le vaccin, il faut respirer plus de virus pour déclencher l'infection", explique M. Lakdawala.

Plusieurs études en cours de développement dans lesquelles des volontaires sont exposés à différentes doses du virus dans un environnement contrôlé, devrait permettre d'obtenir plus d'informations sur la dose infectieuse.

3. Le niveau d'anticorps nécessaire pour prévenir l'infection

On ne sait pas actuellement combien d'anticorps une personne doit avoir pour être considérée comme protégée contre le Covid-19.

Cette mesure est connue sous le nom de "corrélat de protection", car elle indique que le corps humain est protégé contre les maladies ou les infections.

Plusieurs experts s'accordent à dire que la quantité d'anticorps grâce à laquelle une personne peut être considérée comme protégée est une information clé dans la lutte contre le Covid-19.

"Un corrélat de protection est nécessaire de toute urgence pour les vaccins contre le SRAS-CoV-2", a écrit dans la revue Science en juillet 2021 Florian Krammer, professeur au département de microbiologie de l'école de médecine Icahn de l'hôpital Mount Sinai, à New York.

Dans son article, Krammer explique l'importance de pouvoir établir un niveau d'anticorps comme corrélat de la protection, c'est-à-dire de pouvoir identifier la quantité minimale d'anticorps qui offre une protection.

L'une des raisons est que l'approbation de nouveaux vaccins pourrait être accélérée sur la base de la lecture de la quantité d'immunité qu'ils offrent, sans nécessiter de longs essais de phase 3, explique M. Krammer.

Connaître le corrélat de la protection permettrait également d'administrer plus efficacement la vaccination des personnes immunodéprimées, par exemple en appliquant des doses de rappel si l'on constate qu'une quantité suffisante d'anticorps n'a pas été générée, explique l'expert.

En outre, selon M. Krammer, le corrélat de protection pourrait être un indicateur utilisé par les autorités sanitaires pour déterminer le pourcentage de leur population qui est protégé.

Krammer prévient toutefois qu'il est peu probable qu'il soit possible d'identifier un corrélat pouvant être appliqué à tous les vaccins, à tous les variant et à toutes les populations, mais que même ainsi, il serait "extrêmement utile" dans la lutte contre le Covid -19.

Dans le cas de l'Omicron, par exemple, les vaccins génèrent moins d'anticorps qui neutralisent le virus, explique Lakdawala.

"Mais cela ne signifie pas que nous ne sommes pas protégés", clarifie l'expert.

"Les données montrent systématiquement que les vaccins préviennent les maladies graves par rapport aux personnes non vaccinées."

L'expert ajoute que l'apparition de nouveaux variants peut faire évoluer les données de corrélation entre dose infectieuse et protection.

"Chaque fois que le virus est transmis, il peut muter, et chaque fois qu'il mute, il peut avoir un impact sur ces variables, donc il faut éviter la transmission", explique Lakdawala.

Pour ce faire, pendant que les chercheurs tentent de répondre à ces inconnues et à d'autres, il recommande de continuer à appliquer des mesures de "bon sens" : porter des masques, se faire vacciner et garder ses distances.