Bydd y clwb yn disgyn i'r Cymru Alliance ar ôl i Gymdeithas Bêl-droed Cymru wrthod roi'r drwydded angenrheidiol iddynt gystadlu yn y gystadleuaeth ar ei newydd wedd.
Roedd Y Rhyl, pencampwyr y llynedd, ymysg naw clwb oedd wedi apelio yn erbyn y penderfyniad gwreiddiol i wrthod cymeradwyo trwydded. Problemau ariannol oedd y rheswm tu ôl i'w methiant.
Ond roedd apêl Bangor, Airbus UK Brychdyn, Y Bala a Porthmadog yn llwyddiannus.
O ganlyniad, mae Bangor, Airbus UK Brychdyn a'r Bala wedi sicrhau lle i chwarae yn y gynghrair newydd o 12 clwb y tymor nesaf.
Y clybiau eraill yn y 12 disglair fydd Aberystwyth, Caerfyrddin, Castell-nedd, Hwlffordd, Llanelli, Port Talbot, Prestatyn, Seintiau Newydd a'r Drenewydd.
Roedd apêl Llandudno hefyd yn llwyddiannus, ond ni fydd y clwb yn esgyn i'r Uwch Gynghrair ar ôl methu a gorffen yn y ddau safle uchaf yn y Cymru Alliance eleni.
Does dim lle i'r pencampwyr, Llangefni, ychwaith ar ôl i'w hapêl fethu.
Roedd apêl GAP Cei Conna hefyd yn aflwyddiannus, felly hefyd apêl y clwb oedd yn gobeithio esgyn o gynghrair y de, Afan Lido.
Ond y penderfyniad i wrthod trwydded i'r Rhyl sydd wedi creu'r sioc fwyaf, yn enwedig wedi i'r clwb ddatgan fore Llun eu bod yn hyderus o lwyddo.
"Mae'r clwb wedi cael amser anodd yn ariannol yn ddiweddar," dywedodd y clwb mewn datganiad ar eu safle we ar ôl darganfod canlyniad yr apêl.
"Mae'r rheolwr, y chwaraewyr a gweddill y staff wedi bod yn wych yn ystod y cyfnod anodd yma.
"Rydym wedi cymryd camau i resymoli'r busnes ac rydym yn chwilio am noddwyr newydd.
"Roeddem wedi gobeithio aros yn Uwch Gynghrair Cymru tra'n gweithio ar y problemau ariannol
"Bydd y gwaith yn parhau i ailadeiladu cyllideb y clwb a'r gobaith yw dychwelyd i'r Uwch Gynghrair gyn gynted a phosib."
