Sgoriodd Frank Lampard o'r smotyn wedi saith munud cyn i Darren Bent ychwanegu'r ail i'r Saeson wedi 14 munud
Fe frwydrodd Cymru yn ôl gyda pherfformiad llawer gwell yn yr ail hanner ond roedd Lloegr wedi gwneud digon i sicrhau'r fuddugoliaeth.
Mae'r canlyniad yn golygu bod Cymru wedi colli eu pedair gêm hyd yn hyn yn rowndiau rhagbrofol Ewro 2012 ac ar waelod Grŵp G.
Yn y canfed gêm rhwng y gwledydd roedd Aaron Ramsey yn arwain Cymru am y tro cyntaf, capten ieuengaf y tîm cenedlaethol.
Gyda Gareth Bale allan oherwydd anaf roedd Andy King yn dechrau gyda Craig Bellamy yn ôl am y tro cyntaf ers y gêm yn Montenegro fis Medi'r llynedd.
Roedd dau newid i dîm Lloegr oedd wedi curo Denmarc gyda Scott Parker ac Ashley Young yn dechrau'r gêm.
Fe ddangosodd y tîm cartref ddigon o angerdd yn ystod y munudau agoriadol ac fe aeth Bellamy i mewn yn galed mewn tacl ar Ashley Cole.
Doedd Cole a Lloegr ddim yn hapus gyda'r dacl honno ond roeddynt yn fwy bodlon eu byd wedi chwe munud o'r gêm.
Wedi i James Collins lithro fe fanteisiodd John Terry drwy chwarae'r bêl i Ashley Young yn y cwrt cosbi.
Ceisiodd Collins i wneud yn iawn am ei gamgymeriad blaenorol ond fe lithrodd unwaith eto gan lorio Young, ei gyd-chwaraewr yn Aston Villa.
Doedd dim amheuaeth gan y dyfarnwr o Bortiwgal ond pwyntio o'r smotyn ac fe sgoriodd Frank Lampard o 12 llath i roi ei dîm ar y blaen.
Roedd hynny yn ddigon i dawelu cefnogwyr Cymru yn y dorf o 68,959 yn Stadiwm y Mileniwm oedd wedi bod yn swnllyd cyn hynny.
Ac roedd Lloegr wedi dyblu'r fantais wedi 14 munud gyda Darren Bent yn rhwydo o groesiad Ashley Young, oedd wedi cael rhyddid lawr yr asgell dde.
Nid oedd Wayne Hennessey yn gallu gwneud dim i rwystro ymosodwr Aston Villa o chwe llath.
Roedd hynny yn ergyd mawr i hyder Cymru, oedd yn ei chael hi'n anodd gosod unrhyw fath o awdurdod ar y gêm.
Fe'i cyfyngwyd i James Collins yn hitio peli hir i gyfeiriad Steve Morison, oedd yn arwain yr ymosod i Gymru.
Penderfynodd Speed i beidio gwneud unrhyw newidiadau i'w dîm wedi'r egwyl gan roi cyfle arall i chwaraewyr wneud yn iawn am eu perfformiad llipa.
Roedd mwy o bwrpas i chwarae Cymru ar ddechrau'r ail hanner gyda Andy King yn gwneud rhediad da lawr yr asgell dde ond ni ddaeth ei ergyd yn agos at boeni Joe Hart.
Gwastraffodd Cymru eu cyfle gorau o'r gêm wedi awr o chwarae gyda Morison yn methu a rheoli'r bel yn dilyn pas gan Ramsey ac yntau'n mewn lle yn y cwrt cosbi.
Fe geisiodd Ramsey ei lwc o 25 llath ond fe hedfanodd yr ergyd dros y trawst.
Penderfynodd Gary Speed i wneud dau newid wedi 65 munud gyda David Vaughan a Ched Evans yn dod ymlaen yn lle King a Morison.
Roedd Jack Wilshere, yn ei gem gystadleuol dros Loegr yn cael gem dda, ond ni lwyddodd i gadw ei ergyd yn isel ar ôl i Rooney greu'r cyfle iddo.
Dyna oedd cyfraniad olaf Rooney, oedd wedi derbyn cerdyn melyn yn yr hanner cyntaf, gyda James Milner yn dod ymlaen yn ei le wedi 69 munud.
Fe ddaeth Stewart Downing ymlaen yn lle Wilshere a gyda munud yn weddill yn dilyn rhediad da fe geisiodd o lwc o bell ond i'w ergyd hedfan heibio'r postyn.
Roedd amser yn weddill i Bellamy hefyd gael cynnig o du allan i'r cwrt, ond hedfan heibio'r postyn y gwnaeth ei ergyd ef hefyd.
Dyna oedd yr agosaf y death Cymru at sgorio ar brynhawn siomedig arall wrth iddynt golli eu pumed gêm yn olynol.
Cymru: Hennessey, Gunter, James Collins, Williams, Danny Collins, Bellamy, Crofts, Ramsey, King (Vaughan 65), Ledley, Morison (Evans 65).
Eilyddion: Myhill, Eardley, Gabbidon, Allen, Church.
Cerdyn melyn: Crofts, Ledley, Bellamy, Vaughan, James Collins.
Lloegr: Hart, Johnson, Dawson, Terry, Cole, Lampard, Parker (Jagielka 88), Wilshere (Downing 82), Young, Bent, Rooney (Milner 70).
Eilyddion: Green, Lescott, Defoe, Carroll.
Cerdyn melyn: Rooney, Johnson.
Goliau: Lampard 7 cos, Bent 14.
Torf: 68,959
Dyfarnwr: Olegario Benquerenca (Portiwgal).
