Coronavirus : quels sont les risques de la nouvelle variante "doublement mutant" en Inde?

Une nouvelle variante "doublement mutante" du coronavirus est détectée dans des échantillons prélevés en Inde.

Les scientifiques vérifient si cette variante, où deux mutations sont réunies dans le même virus, peut être plus infectieuse ou moins affectée par les vaccins.

Qu'est-ce qu'un variant "double mutant" ?

Comme tous les virus, le coronavirus se modifie par petites touches lorsqu'il passe d'une personne à une autre.

La grande majorité de ces mutations sont sans conséquence et ne modifient pas le comportement du virus.

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Mais certaines mutations entraînent des modifications de la protéine spike que le virus utilise pour s'accrocher aux cellules humaines et y pénétrer. Ces variantes pourraient être plus infectieuses, provoquer une maladie plus grave ou échapper aux vaccins.

Les vaccins contre les agents pathogènes respiratoires comme le SRAS-Cov2, le virus à l'origine du Covid-19, nous protègent en stimulant notre organisme à fabriquer des anticorps.

Les anticorps les plus aptes à nous protéger sont les "anticorps neutralisants", car ils empêchent le virus de pénétrer dans les cellules humaines.

Les chercheurs indiens spécialisés dans le génome ont détecté une "double variante" du nouveau coronavirus.

Le gouvernement annonce qu'une analyse des échantillons collectés dans l'État occidental du Maharashtra montre "une augmentation de la fraction des échantillons présentant les mutations E484Q et L452R" par rapport à décembre de l'année dernière.

"Ces [doubles] mutations confèrent un échappement immunitaire et une infectivité accrue", explique le ministère de la santé dans un communiqué.

Selon le Dr Jeremy Kamil, virologue au Louisiana State University Health Sciences Center Shreveport, la mutation E484Q est similaire à la mutation E484K, observée dans les variantes B.1.351 (Afrique du Sud) et P.1 (Brésil), qui ont émergé indépendamment à plusieurs reprises.

Si un nombre suffisant de mutations se produisent dans un arbre généalogique viral ou une lignée, le virus peut commencer à fonctionner différemment et la lignée peut devenir une "variante préoccupante".

En ce qui concerne la mutation L452R - également présente dans la "double mutation" en Inde - elle a d'abord attiré l'attention en tant que partie de la lignée B.1.427/B.1.429 aux États-Unis, parfois appelée "variante californienne", indique le Dr Kamil.

Ces "doubles mutants" sont-ils rares ?

Pas du tout, répond le Dr Kamil, qui a récemment cosigné une étude sur sept lignées croissantes du nouveau coronavirus aux États-Unis.

"Il est désormais extrêmement courant de voir plus d'une mutation à la fois - même si l'on se limite au gène spike".

Au début de la pandémie, la plupart des gènes spike ne présentaient qu'une seule mutation - D614G. Aujourd'hui, cette mutation est dominante et présente partout, "si bien que nous en voyons d'autres par-dessus", selon le Dr Kamil.

En fait, GISAID, une base de données en libre partage, répertorie 43 virus présentant à la fois les mutations E484Q et L452R trouvées en Inde.

Selon le Dr Kamil, un virus collecté en mars au Royaume-Uni présente neuf mutations de pointe. "Cela fait beaucoup de mutations. Sommes-nous sûrs que la variante indienne n'a que deux mutations de pointe ?" demande-t-il.

Une fois que les chercheurs indiens auront téléchargé leurs données dans le GISAID, les scientifiques du monde entier seront en mesure de déterminer si le "double mutant" est de la même lignée que celui trouvé au Royaume-Uni, ou si cette combinaison de mutations est apparue indépendamment, comme ce fut le cas pour le tiercé de mutations K417N/T, E484K et N501Y qui se sont combinées au Brésil et en Afrique du Sud pour donner naissance à leurs souches, P.1 et B.1.351.

Doit-on s'inquiéter de cette nouvelle variante ?

Les mutations du gène spike peuvent rendre le virus intrinsèquement "meilleur" pour infecter les gens ou peuvent aider le virus à échapper aux anticorps neutralisants.

Cela signifie que si le virus mute de la "bonne manière", il peut réinfecter une personne qui s'est déjà remise du Covid-19.

Mais les scientifiques affirment que les réinfections seront très légères par rapport aux infections primaires chez les personnes vaccinées ou déjà guéries d'un cas antérieur de Covid-19.

Mais si le virus peut utiliser la réinfection pour se propager, alors il "pénétrerait" l'immunité de groupe, déclare le Dr Kamil. (L'immunité collective se produit lorsqu'une grande partie d'une communauté devient immunisée contre une maladie grâce à la vaccination ou à la propagation massive de la maladie).

Les personnes les plus vulnérables risquent donc de contracter une maladie grave, car le virus peut se déplacer dans le troupeau pour les atteindre.

Il affirme que, contrairement à d'autres variantes, la nouvelle double variante indienne n'est pas susceptible d'être plus mortelle ou plus intrinsèquement transmissible, mais que des données supplémentaires sont nécessaires pour en être sûr.

La variante est-elle à l'origine de la deuxième vague en Inde ?

Mercredi, l'Inde a signalé 47 262 cas et 275 décès, soit la plus forte augmentation quotidienne de l'année.

Le Dr Rakesh Mishra, directeur du Centre de biologie cellulaire et moléculaire (CCMB) basé à Hyderabad, explique que la "double-variante" est présente dans 20 % des cas dans le Maharashtra, où l'on a enregistré une forte augmentation du nombre d'infections.

"On soupçonne que cette variante est à l'origine de la deuxième vague d'infections en Inde. Je dirais que non, 80 % des échantillons que nous avons séquencés ne présentent pas cette combinaison de mutants. Ce mutant n'a été associé qu'à 230 cas dans le Maharashtra sur les plusieurs milliers d'échantillons séquencés", dit-il.

La variante du Royaume-Uni ou du Kent (également connue sous le nom de B.1.1.7), qui est désormais dominante dans une grande partie de la Grande-Bretagne et s'est répandue dans plus de 50 pays, est beaucoup plus inquiétante. Au total, 736 des 10 787 échantillons séquencés en Inde se sont révélés positifs pour cette variante.

Selon le Dr Kamil, cette variante est plus susceptible de contribuer à une "deuxième vague intense". (Selon les études, elle est plus de 50 % plus transmissible et 60 % plus mortelle - 1,6 décès pour un décès causé par la version précédente du virus).

"Toutefois, c'est surtout le comportement humain qui sera à l'origine de la deuxième vague", ajoute le Dr Kamil.

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