علی افشاری نوشته که در زندان چند بار تا مرز خودکشی با سيم برق پيش رفته است

به گفته وی، عليه آقای افشاری اتهاماتی همچون هدايت جريان دانشجويی با هدف اقدام عليه امنيت کشور و براندازی نظام جمهوری اسلامی، سوق دادن دانشجويان به سمت گروهکهای غيرقانونی، اقدام به اعلام تحصن به صورت خودسرانه، تعرض به سخنان مقامات ارشد، تبليغ عليه نظام و تشويش اذهان عمومی و ساير موارد مطرح شده اما وی همان گونه که در نامه سرگشاده اش به رئيس قوه قضائيه متذکر شده بود به دادگاه اعلام کرده است که در صورتی حاضر به دفاع از خود در برابر اين اتهامات خواهد شد که دادگاه به صورت علنی و با حضور هيئت منصفه برگزار شود.

علی افشاری که عضو شورای مرکزی دفتر تحکيم وحدت (طيف علامه)، عمده ترين تشکل دانشجويی در ايران است، در آذر ماه سال 1379 پس از سخنرانی در نشستی دانشجويی با عنوان "اعتراض به شکلگيری انسداد سياسی" در دانشگاه صنعتی اميرکبير تهران، بازداشت شد و آن گونه که در نامه اش به رئيس قوه قضائيه نوشته، در دوران بازداشت مورد ضرب و شتم، فحاشی، توهين، بيخوابی، ايستادن ممتد مقابل ديوار و تهديد به انواع و اقسام شکنجه قرار گرفت و سرانجام بر اثر "شدت و عمق فشار جسمی و روانی، محروميت، خلأ عاطفی و ايزولگی (انزوا)، پس از يک ماه ايستادگی ناگاه مقاومتش شکست و شخصيتش فروريخت تا آنجا که به موجودی مصلوب الاختيار و فاقد اراده تبديل شد که چون مومی در دستان بازجو بود" و ناچار شد به مصاحبه ای با تلويزيون تن دهد که در آن، اعترافاتی عليه خود و اصلاح طلبان مطرح و از فعاليتهای خود ابراز ندامت کرد.

او در نامه به رئيس قوه قضائيه تمام مطالبی را که در آن مصاحبه مطرح کرده را تکذيب کرده و خواهان آن شده که در مقابل، محاکمه او نيز به صورت علنی برگزار شود و مورد پوشش رسانه ها قرار گيرد.

علی افشاری پس از 356 روز بازداشت با قرار وثيقه دويست ميليون تومانی آزاد گرديد اما پس از مدتی به زندان بازگردانده شد و دو سال ديگر را نيز در زندان گذراند.