Mutations, variantes et souches de coronavirus: qu'est-ce qui les différencie

Avec la confirmation dans plusieurs pays de l'enregistrement de la variante du SRAS-CoV-2 qui a fait des ravages au Royaume-Uni, une confusion est également apparue sur les termes utilisés pour y faire référence.

Est-il exact de dire qu'il s'agit d'une nouvelle souche ? Une mutation est-elle identique à une variante ? Qu'est-ce qu'une lignée ?

Avant de détailler ce à quoi chaque terme se réfère, rappelons d'abord que, comme nous l'ont expliqué les experts, tous les virus mutent constamment, à des rythmes différents et avec des répercussions différentes.

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En ce qui concerne la variante B.1.1.7, signalée par le Royaume-Uni en décembre, on craint qu'elle ne soit jusqu'à 50 % plus contagieuse.

Cependant, il n'y a pas encore de preuve scientifique qu'il cause plus de dommages aux patients atteints de COVID-19 ou qu'il rend le virus plus mortel. Elle n'affecte pas non plus l'efficacité des vaccins développés jusqu'à présent.

Les mutations créent des variantes ou des lignées

Lorsque des infections se produisent, des "erreurs" de copie se produisent, puis des mutations ou des changements dans le code génétique du virus se produisent, comme celui qui provoque le COVID-19.

En séquençant ou en analysant génétiquement le virus à partir d'échantillons prélevés dans différentes régions du monde, les scientifiques identifient certaines caractéristiques permettant de regrouper ces mutations en variantes ou en lignées.

Pour l'analyse, des arbres phylogénétiques sont créés, qui sont comme des arbres généalogiques où sont exprimés tous les parents qui sont libérés de virus tels que le SRAS-CoV-2.

Chacune des branches qui découlent directement du SRAS-CoV-2 sont appelées lignées, qui sont désignées par une série de chiffres et une lettre de l'alphabet, pour les identifier, compte tenu de leur ordre d'apparition et de leur composition génétique.

La lignée B.1.1.7 présente différentes mutations dans son génome, jusqu'à présent environ 23, mais la principale est celle qui se développe à la position 501 de son code génétique, où l'acide aminé asparagine (N) a été remplacé par la tyrosine (Y).

L'abréviation de cette mutation est N501Y, qui est aussi parfois appelée S : N501Y, pour préciser qu'elle se trouve dans la protéine de pointe du virus.

Il est donc exact de dire que la variante ou lignée B.1.1.7 est arrivée au Mexique.

En plus de la variante du Royaume-Uni, les scientifiques ont identifié la variante 501Y.V2 en Afrique du Sud.

Nous ne voulons pas vous embrouiller, mais un détail est que les variantes britannique et sud-africaine partagent toutes deux une mutation, celle de la position 501.

Aux États-Unis, 72 cas de variante B.1.1.7. ont été confirmés jusqu'à présent, selon les Centres de contrôle et de prévention des maladies (CDC).

Alors, c'est quoi une souche ?

Pour comprendre cela, nous pouvons mentionner d'emblée que le SRAS-CoV-2 est l'une des différentes souches du coronavirus.

Les deux types ou souches de coronavirus les plus connus à ce jour sont : le SARS-CoV-2 trouvé à Wuhan, en Chine, depuis fin 2019.

Et avant cela le SRAS-CoV, qui provoque le syndrome respiratoire aigu sévère ou SRAS. Donc : chacun des nouveaux types ou espèces de coronavirus est appelé une souche.

Il est imprécis de dire que la variante enregistrée au Royaume-Uni est nouvelle, ou de mentionner qu'une nouvelle souche est arrivée.

Pour cela, il faudrait que le virus subisse un changement ou une mutation drastique dans sa chaîne génétique, ce qui ne s'est pas produit jusqu'à présent.

C'est pourquoi, pour l'instant, les vaccins développés jusqu'à présent sont toujours considérés comme utiles pour lutter contre le virus et prévenir d'autres cas de décès dus au Covid.

"Il existe une souche de coronavirus. C'est Sars-Cov-2. C'est la seule souche et il existe des variantes de cette souche. Ce sont des variantes", a expliqué le professeur Tom Connor de l'école de biosciences de l'université de Cardiff à The Independent en décembre au sujet de B.1.1.7.

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