Comment vos animaux de compagnie modifient votre système immunitaire

On pense que le fait de vivre avec des animaux a des effets profonds sur notre immunité - réduisant potentiellement le risque d'allergies, d'eczéma et même d'affections auto-immunes.

Depuis qu'ils ont émigré d'Europe centrale vers l'Amérique du Nord au XVIIIe siècle, les Amish sont connus pour leur mode de vie unique. Aujourd'hui, ils s'appuient sur les mêmes pratiques d'élevage de vaches laitières et de transport par chevaux que leurs ancêtres ont suivies pendant des siècles.

Les Amish ont captivé l'imagination des scénaristes, des documentaristes et des sociologues d'Hollywood pendant des décennies. Mais depuis une dizaine d'années, leur mode de vie intéresse de plus en plus le monde médical, car ils semblent défier une tendance moderne particulièrement préoccupante. Alors que les taux d'affections liées au système immunitaire qui apparaissent dès l'enfance, telles que l'asthme, l'eczéma et les allergies, ont grimpé en flèche depuis les années 1960, ce n'est pas le cas chez les Amish.

Cela s'explique par la découverte du fonctionnement de notre système immunitaire et des effets profonds que les animaux qui nous entourent ont sur lui.

Une communauté diversifiée

Pour tenter de comprendre pourquoi les Amish présentent des taux plus faibles de certaines maladies immunitaires, un groupe de scientifiques a passé du temps, en 2012, dans une communauté amish de l'État de l'Indiana et dans une autre communauté agricole connue sous le nom de Huttérites, dans le Dakota du Sud. Dans les deux cas, ils ont prélevé des échantillons de sang sur 30 enfants et ont étudié leur système immunitaire en détail.

Il existe de nombreuses similitudes entre les deux groupes. Comme les Amish, les Huttérites vivent de la terre, ont des ancêtres européens, sont peu exposés à la pollution de l'air et suivent un régime pauvre en aliments transformés. Cependant, leurs taux d'asthme et d'allergies infantiles sont quatre à six fois plus élevés que ceux des Amish.

L'une des différences entre les deux communautés est que les Huttérites ont pleinement adopté les technologies agricoles industrialisées, ce qui n'est pas le cas des Amish qui, dès leur plus jeune âge, vivent en contact étroit avec les animaux et la pléthore de microbes qu'ils transportent.

« Si l'on compare les photographies aériennes par drone des communautés amish et huttérites, on constate que les amish vivent à la ferme avec les animaux, alors que les huttérites vivent dans de petits hameaux, la ferme pouvant se trouver à quelques kilomètres de là », explique Fergus Shanahan, professeur émérite de médecine à l'University College Cork, en Irlande.

En 2016, une équipe de scientifiques américains et allemands a publié une étude qui fait désormais référence, concluant que les enfants amish ont un risque plus faible d'allergies en raison de la façon dont leur environnement façonne leur système immunitaire. Les chercheurs ont notamment constaté que les enfants amish étudiés avaient des cellules T dites régulatrices plus finement réglées que les enfants huttérites. Ces cellules contribuent à atténuer les réponses immunitaires inhabituelles.

Lorsque les chercheurs ont analysé des échantillons de poussière prélevés dans les maisons d'enfants amish et huttérites à la recherche de bactéries, ils ont trouvé des preuves évidentes que les enfants amish étaient exposés à davantage de microbes, provenant probablement des animaux qu'ils côtoyaient.

Dans le monde entier, d'autres scientifiques ont fait des découvertes similaires. Un groupe d'immunologistes a rapporté que les enfants grandissant dans des fermes alpines, où les vaches dorment généralement à proximité de leurs propriétaires, semblaient être protégés contre l'asthme, le rhume des foins et l'eczéma. D'autres recherches ont montré que le risque d'allergie d'un enfant âgé de sept à neuf ans semble diminuer proportionnellement au nombre d'animaux domestiques présents dans la maison au cours des premières années de sa vie, ce que l'on appelle « l'effet mini-ferme ».

Il ne s'agit pas d'une panacée universelle, et chaque fois que je donne une conférence sur ce sujet, quelqu'un me dit : « J'ai grandi dans une ferme et j'ai des allergies », mais nous savons que si vous grandissez en interagissant physiquement avec des animaux de ferme, vous réduisez d'environ 50 % votre probabilité de développer de l'asthme ou des allergies », explique Jack Gilbert, professeur à l'université de Californie à San Diego, qui a participé à l'étude sur les Amish et a également cofondé l'American Gut Project, un projet de science citoyenne qui étudie l'influence de nos modes de vie sur nos microbiomes. « Même si vous avez grandi avec un chien à la maison, vous bénéficiez d'une réduction du risque de 13 à 14 % », ajoute-t-il.

Selon une nouvelle étude publiée en janvier 2025, la présence d'un chien à la maison pourrait contribuer à prévenir l'eczéma chez certains enfants génétiquement prédisposés à cette affection. Dans une analyse portant sur près de 280 000 personnes, les chercheurs ont constaté que les enfants présentant un facteur de risque connu d'eczéma - une variante particulière d'un gène impliqué dans la fonction des cellules immunitaires et l'inflammation, connu sous le nom de récepteur de l'interleukine 7 (IL-7R) - étaient moins susceptibles de développer l'affection s'ils avaient vécu avec un chien de la famille au cours de leurs deux premières années de vie.

Des tests en laboratoire ont confirmé que les signaux moléculaires émis par les chiens peuvent supprimer l'inflammation de la peau. Cependant, les chercheurs ont mis en garde contre le fait que l'introduction d'un chien pourrait ne pas aider à traiter un eczéma existant et pourrait même aggraver les symptômes.

Animaux de compagnie protecteurs

Depuis la publication de l'étude sur les Amish, l'effet potentiellement protecteur de l'interaction avec les animaux pendant l'enfance a fait l'objet d'une grande fascination, le New York Times ayant même publié un article demandant si les animaux de compagnie n'étaient pas les nouveaux « probiotiques ».

Que se passe-t-il donc ? Il n'est peut-être pas surprenant que, compte tenu de la nature tactile de l'homme et de son penchant pour les caresses, lorsque nous vivons avec des animaux, les microbes contenus dans leur fourrure et leurs pattes se retrouvent sur notre peau, du moins temporairement.

Cela a donné lieu à des suggestions selon lesquelles le « microbiome » pourrait être colonisé par des microbes provenant de nos animaux de compagnie. Il s'agit de l'ensemble des vastes colonies de microbes qui vivent sur notre peau, dans notre bouche et surtout dans l'intestin, où se trouve une concentration importante de cellules immunitaires de notre corps. Selon Nasia Safdar, professeur de maladies infectieuses à l'université du Wisconsin aux États-Unis, ce concept a suscité l'intérêt de l'industrie des aliments pour animaux de compagnie. L'idée serait de développer des produits commercialisés comme favorisant la croissance de bactéries bénéfiques chez les chats et les chiens, qui pourraient ensuite être transmises à leurs propriétaires, explique-t-elle.

« Cet angle d'attaque a attiré les investisseurs, car pour la plupart d'entre nous, c'est la condition humaine qui nous intéresse », explique Mme Safdar. « Alors, quel rôle l'animal peut-il jouer dans ce contexte ?

Mme Safdar envisage de mener une étude qui consisterait à prélever des échantillons de matières fécales sur les animaux de compagnie et leurs propriétaires lors de visites répétées chez le vétérinaire, afin de voir si leurs intestins deviennent plus semblables sur le plan microbien avec le temps. Elle souhaite également voir si elle peut identifier des espèces bactériennes similaires qui pourraient avoir des effets bénéfiques sur la santé.

Cependant, d'autres estiment que l'idée que des microbes de chiens, de chats ou d'autres animaux non humains puissent être incorporés dans nos microbiomes est douteuse. « Il n'y a aucune preuve de cela », déclare Gilbert. « Nous ne constatons pas vraiment d'accumulation à long terme de bactéries canines sur notre peau, dans notre bouche ou dans nos intestins. Elles ne restent pas vraiment dans les parages ».

En réponse à cela, Mme Safdar estime que l'étude est toujours intéressante, car elle pense qu'il est plausible que les microbes intestinaux puissent être transférés des animaux de compagnie à leurs propriétaires et vice versa. « Cela vaut la peine d'être étudié et n'a pas encore fait l'objet d'un examen approfondi », déclare-t-elle.

Gilbert pense que les animaux domestiques jouent un rôle différent, mais tout aussi vital. Sa théorie est que nos lointains ancêtres ayant domestiqué diverses espèces, nos systèmes immunitaires ont évolué pour être stimulés par les microbes qu'ils transportent. Ces microbes ne résident pas en permanence en nous, mais nos cellules immunitaires reconnaissent les signaux familiers qui les traversent, ce qui permet au système immunitaire de se développer correctement.

« Au cours des millénaires, le système immunitaire humain s'est habitué à voir des bactéries de chien, de cheval et de vache », explique M. Gilbert. « Ainsi, lorsqu'il voit ces bactéries, il déclenche un développement immunitaire bénéfique. Il sait ce qu'il doit faire », ajoute-t-il.

Des études ont également montré que les humains qui vivent sous le même toit qu'un animal de compagnie finissent par avoir des microbiomes intestinaux plus proches les uns des autres, et Gilbert suggère que l'animal sert probablement de véhicule pour aider à transférer les microbes humains entre ses propriétaires. Dans le même temps, l'exposition régulière aux microbes de l'animal stimule également son système immunitaire, qui reste plus actif et gère mieux les populations bactériennes de ses propres microbiomes intestinaux et cutanés, en empêchant les agents pathogènes d'entrer et en stimulant la croissance des bactéries utiles.

Microbes anciens

Il s'agit là d'une bonne nouvelle pour les amoureux des animaux, car les recherches continuent de suggérer que la cohabitation avec des animaux domestiques tout au long de notre vie peut être bénéfique pour notre système immunitaire.

Après avoir lu l'étude sur les Amish et les Huttérites, M. Shanahan a eu l'idée de mener ses propres recherches sur les Irish travellers, une population marginalisée qui vit généralement dans des espaces confinés parmi de nombreux animaux - des chiens et des chats aux furets et aux chevaux.

Shanahan a séquencé leurs microbiomes intestinaux et les a comparés à ceux d'Irlandais vivant aujourd'hui selon un mode de vie plus moderne, ainsi qu'à des microbiomes séquencés de populations indigènes des Fidji, de Madagascar, de Mongolie, du Pérou et de Tanzanie, qui vivent encore selon un mode de vie proche de celui de nos ancêtres chasseurs-cueilleurs. Il a découvert que le microbiome des voyageurs irlandais était plus proche de celui des groupes indigènes. Il a ajouté que leur microbiome présentait également des similitudes avec celui des humains du monde préindustrialisé, que d'autres groupes scientifiques ont pu étudier en collectant d'anciens échantillons de matières fécales conservés dans des grottes.

« Les voyageurs irlandais ont conservé un microbiome ancien », explique M. Shanahan. « Il ressemble beaucoup plus à celui des tribus de Tanzanie qui vivent encore comme des chasseurs-cueilleurs ou à celui des cavaliers mongols qui vivent dans des yourtes, près de leurs animaux ».

Shanahan pense que cela pourrait expliquer les faibles taux de maladies auto-immunes dans les populations de voyageurs irlandais : des affections comme les maladies inflammatoires de l'intestin, la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse, la sclérose en plaques et d'autres maladies qui, comme l'asthme et les allergies, sont devenues de plus en plus courantes au cours des dernières décennies.

« Cela ne veut pas dire que leur santé est bonne », précise M. Shanahan. « Les voyageurs irlandais meurent bien plus tôt que la communauté sédentaire. Mais ils meurent d'alcoolisme, de suicide et d'accidents, en raison de la pauvreté, de la marginalisation et de l'érosion de leur culture. Mais allez voir un rhumatologue irlandais et demandez-lui s'il a déjà vu un voyageur atteint de lupus systémique [une maladie auto-immune], il ne l'a jamais vu ».

Aujourd'hui, des chercheurs tentent de déterminer si le fait de réintégrer des animaux dans nos vies, de diverses manières, peut être bénéfique pour notre santé tout au long de la vie. Des chercheurs de l'université de l'Arizona, aux États-Unis, ont cherché à savoir si le fait de confier des chiens non désirés à des personnes âgées pouvait contribuer à améliorer leur santé physique et mentale en renforçant leur système immunitaire. Les résultats d'un groupe de recherche italien qui a créé une ferme éducative où les enfants de foyers sans animaux domestiques pouvaient régulièrement caresser des chevaux sous surveillance ont suggéré que les microbiomes intestinaux des enfants commençaient à produire davantage de métabolites bénéfiques.

Selon le professeur Gilbert, il est plausible que cela puisse être un moyen d'améliorer l'immunité de l'enfant. « Si vous êtes exposé à un plus grand nombre de types de bactéries, vous allez stimuler votre système immunitaire de manière plus variable, ce qui pourrait améliorer sa capacité à gérer les microbes présents sur votre peau et dans votre intestin », explique-t-il. « Mais vous n'êtes pas colonisé par des bactéries animales, ce n'est pas le cas ».

Les chercheurs soulignent que le fait d'avoir des animaux de compagnie tout au long de sa vie peut également favoriser d'autres interactions microbiennes avec le système immunitaire. Par exemple, si vous avez un chien, vous êtes plus enclin à faire des promenades régulières, note Liam O'Mahoney, professeur d'immunologie à APC Microbiome Ireland, un centre de recherche dédié aux microbiomes à l'University College Cork.

« Si vous avez un animal de compagnie, vous sortez dans votre environnement et vous allez vous promener dans le parc », explique Liam O'Mahoney. « En faisant cela, vous êtes également exposé aux microbes du parc, du sol, de partout, qui peuvent tous être utiles ».