行政機構改革是本次兩會受關注的主要內容之一，也是引起爭議的話題。
中國國務委員馬凱周日將在人大作國務院機構改革方案的報告，行政機構改革是今年兩會的主要內容之一，也一直是公眾關注和爭議的話題。
據信這是自2008年以來中國首次進行大規模國務院機構的改革。此前有分析說，此次機構改革將繼續「大部制」，但側重轉變政府職能以及理順內部關係而非單純的部門合併。
自1949年以來，中國政府歷經多次機構調整和改革。自70年代末開始改革開放以來，中國1982，1988，1998，2003和2008年進行過6次大幅度的行政機構調整和改革。目前的國務院由27個部門組成。
據分析，以2003年劃線，之前的歷次行政機構改革側重精簡和提高效率，但沒有強調政府的社會管理與公共服務職能。2003年以後的歷次調整開始側重政府的社會職能，在17大報告中提出建立「服務型政府」的內容。
官營和民營
一些分析說，2003年以前中國政府還發揮直接創造財富的角色，之後政府的改革旨在實現「政府創造環境，人民創造財富」。
在所謂「大部制」改革中，把國務院諸多機構合併，實現「小政府，大市場」的目標。中國的行政專家認為，所謂「大社會」就是要多發揮社會的作用，把政府不該做或做不好的事交給社會去做。
但反對者批評說，政府職能不應該被簡單地歸為「官營」或「官商」，不應該同「民營」和「社會」對立。「官營」或「官商」本質上是全民所有，而所謂「民營」企業恰恰是少數富人所有。
鐵道部改革
此次行政機構改革中鐵道部調整一直受到公眾密切關注。支持調整或改革鐵道部的意見認為，改革或撤銷鐵道部有利於政企分開。反對者認為有人借政企分開知名加快私有化，甚至要鯨吞國有資產 。
有人甚至認為將中國鐵路私有化會「壓垮駱駝的最後一根稻草」，中國由此走上改變國家性質的不歸路，中國經濟將徹底私有化。
此前鐵道部部長盛光祖在人大期間已經證實了此前的一些相關傳言，即把鐵道部一分為二：一部分為鐵道局歸交通部管理，另一部分則成立鐵道集團公司實行企業化運作。
