A Esma funcionou como prisão ilegal nos anos da ditadura militar

As instalações foram usadas como detenção clandestina e centro de tortura durante o regime militar de 1976 a 1983.

Grupos de defesa dos direitos humanos acreditam que cerca de 5 mil pessoas foram torturadas e mortas no local.

Muitas delas foram levadas de lá drogadas e lançadas ainda vivas, de aviões, no rio da Prata, no que ficou conhecido como "vôos da morte".

No complexo funcionou também uma maternidade clandestina em que dezenas de detentas grávidas deram à luz bebês adotados ilegalmente por militares e policiais.

Uma comissão formada por representantes do governo, de sobreviventes da tortura e de ONGs assumiu o controle do prédio, em 24 de março de 2004, para transformá-lo em um museu e um memorial para os argentinos mortos por ação dos governos militares.

Estima-se que este número chegue a 30 mil.

O Museu está aberto a visitação pública desde 2007.