V Indonésii žije nejvíce muslimů na světě. Prezidentka Megawati Sukarnoputri kampaň Spojených států podpořila, její vláda se však obává odvetných akcí.

Ještě před zahájením útoků vyzývali dokonce i přední islámští vůdci k vyhlášení "džihádu" neboli svaté války proti Spojeným státům.

Po útocích Jakarta vyzvala Spojené státy k omezení operace proti Afghánistánu. Masové protiamerické demonstrace se zatím neuskutečnily.