Ciciau Stephen Jones oedd y gwahaniaeth rhwng y ddau dîm, wrth i'r maswr lwyddo gyda phob ymgais i gyfrannu 23 pwynt hanfodol.
Roedd hi'n edrych yn ddu ar y tîm cartref pan groesodd yr ymwelwyr ddwywaith yn y chwarter awr agoriadol, ond ymatebodd y Scarlets gyda dau gais gan Rhys Priestland.
Ac roedd 'na ddau sgôr arall yn fuan wedi'r toriad wrth i Regan King a Jones agor mantais o 40-15.
Rhys Priestland yn canu clodydd y blaenwyr
Ond collodd y tîm cartref eu siâp o hynny'n mlaen, ac roedd y cefnogwyr cartref yn falch iawn i glywed y chwiban olaf ar ôl i'r ymwelwyr groesi am y trydydd tro yn yr ail hanner gyda dau funud yn weddill.
Roedd Perpignan wedi bygwth rhedeg i ffwrdd gyda'r gêm wrth gychwyn ar dân, a dim ond cicio cywir Jones oedd yn cadw'r Scarlets ynddi.
Jean-Philippe Grandclaude oedd y cyntaf i groesi wedi chwe munud wrth iddo hyrddio drosodd yn y gornel dde, ac yna gwelwyd gwrthymosodiad hyfryd a orffennodd gyda Julien Candelon yn sgorio ar ôl casglu ei gic isel.
Ond roedd diffyg disgyblaeth yr ymwelwyr yn profi'n fendith i'r Scarlets, ac roedd y tîm cartref yn gyfartal 12-12 wedi 28 munud wrth i Jones lwyddo at y pyst am y pedwerydd tro.
Ac yna daeth olwyr y Scarlets i fywyd wrth greu dau gais i Priestland.
Pasio syml greodd y bwlch am y gyntaf, ond roedd yr ail yn wefreiddiol wrth i Morgan Stoddard a King basio'r bêl yn hyfryd tu ôl i'w cefnau i ryddhau Priestland.
Roedd trosiad Jones o'r ystlys yn goron deilwng ar gais fydd yn sicr o fod ymysg y gorau o'r tymor.
Perpignan gafodd y gair olaf yn yr hanner wrth i Jerome Porical - oedd yn y gell gosb pan sgoriodd Priestland ei gais gyntaf - gicio gôl gosb i wneud hi'n 26-15.
Ond fe gymerodd y Scarlets reolaeth lwyr o'r gêm wrth sgorio dau gais mewn dau funud yn saith munud agoriadol yr ail hanner.
King sgoriodd y gyntaf ar ôl i'r Ffrancwyr ildio'r meddiant yng nghanol cae, ac yna roedd yr olwyr ar eu gorau eto wrth i Jones orffen symudiad arbennig arall.
Llwyddodd y maswr i drosi'r ddau, gan agor mantais o 40-15. Ond tarodd Perpignan yn ôl ymhen saith munud wrth i Adrien Plante groesi ar ôl i symudiad siswrn yng nghanol cae hollti'r amddiffyn cartref.
Ac roedd 'na ddihangfa i'r Scarlets yn fuan wedyn wrth i Candelon ollwng y bêl wedi gwrthdrawiad gyda Sean Lamont ychydig lathenni'n fyr o'r llinell gais.
Ychwanegodd Jones tri phwynt arall gyda'i droed ond doedd gan y blaenwr cartref ddim ateb wrth i bac Perpignan hyrddio dros y llinell gais wedi 70 munud, gyda Ovidu Tonita yn codi olaf gyda'r bêl.
Sgoriodd Damien Chouly y bumed cais dau funud o'r diwedd cyn i'r cloc ddod i achub y Scarlets rhag yr embaras o wastraffu mantais o 35 pwynt.
Scarlets: Priestland, Stoddart, Maule, King, Lamont, S. Jones, Roberts, I. Thomas, Rees, R. Thomas, Reed, Cooper, McCusker, Turnbull, Lyons.
Eilyddion: Owens, John, Manu, Fa'amatuainu, J. Edwards, Knoyle, Evans, S. Williams.
Perpignan: Porical, Plante, Marty, Grandclaude, Candelon, Hume, Cazenave, Freshwater, Geli, Mas, Vivalda, Tchale-Watchou, Guiry, Britz, Chouly.
Eilyddion: Tincu, Schuster, Pulu, Vilaceca, Mele, Michel, Edmonds, Tonita.
Dyfarnwr: Andrew Small (RFU).
