中日之間經濟貿易往來也陷入了空前未見的低潮。
中日兩國因為主權爭議導致經濟受到影響，學者認為其結果實際上是「兩敗俱傷」、沒有好處。
日本政府將釣魚島（日本稱尖閣諸島、台港稱釣魚台列島）所謂「國有化」導致雙邊關係陷入空前緊張。
中國民間抵制日貨、取消到日本旅遊、停止邀請日本廠商和團體參加展覽、日系汽車廠傳出減產消息等等，顯示已經影響了兩國貿易。
倫敦亞非學院的孫來祥教授向BBC中文網分析說，短期來看雖然似乎是日本受到了很大的損失，但是長期而言卻是兩敗俱傷。
他表示短期來看，日本似乎會受到較大的損失，但是長期而言，對中國的經濟也會造成不利的影響。
孫教授說，在全球化的背景之下，現在許多企業已經是「我中有你、你中有我」，傷害的不見得只是對方。
例如在華的日系汽車，實際上是在中國生產、使用的零部件大部分也是在中國生產，更是由中國工人組裝。
孫來祥教授認為，雖然亞洲其他國家向日本在華企業招手，但是很多日本企業在中國投資就是因為著眼中國市場，因此短期內其他國家很難取代中國的地位。
但是他也指出，如果未能及早解決，日本在華企業可能會產生結構性的變化，例如由於市場份額變小，日資廠商裁員、雖然歐美廠商可以擴大生產，但是能否全部吸收日資廠商裁減的人員就很難說。
孫來祥教授說，日本受到衝擊最為嚴重的行業，大概就是旅遊業，而來自日本的報道似乎也支持這種看法。
例如大批中國旅遊團取消在中國的中秋國慶黃金周假期前往日本旅遊、日本的全日空、日航、中國的中國國際航空紛紛宣佈減少航班，中國的東方航空甚至還推遲了首航上海到仙台的航線。
據稱有日本的旅遊業者形容，中日關係墜入嚴寒、而日本旅遊業則是進入急凍。
