سيا به دليل ناکامی در جلوگيری از هواپيماربايی های 11 سپتامبر 2001 که به قتل حدودا سه هزار نفر منجر شد، به شدت مورد انتقاد بوده است

از ماه سپتامبر که پورتر گاس به عنوان رييس سيا منصوب شد، جيمی ميسيک، معاون بخش اطلاعاتی سيا تازه ترين مقام بلندپايه اين سازمان است که از مقام خود استعفا می دهد.

آقای گاس پست خود را با اختياراتی برای ايجاد تغييرات در سيا تحويل گرفت.

کميته مامور تحقيق در باره واقعه يازده سپتامبر در کنگره آمريکا از سيا به دليل رديابی نکردن علائمی که می شد با استفاده از آنها از حملات يازده سپتامبر 2001 جلوگيری به عمل آورد، انتقاد کرده است.

جورج تنت، رييس قبلی سيا در ماه ژوئن به طور ناگهانی از مقام خود استعفا داد. آقای تنت به مدت هفت سال رييس سيا بود.

تنها يک روز پس از آن نيز جيمز پويت، مدير عملياتی سيا با اعلام بازنشستگی، از مقام خود کناره گيری کرد.

در آن زمان، سخنگوی سازمان اطلاعات مرکزی آمريکا گفت جيمز پويت، معاون بخش عملياتی "سيا" يا مسئول ماموران مخفی اين سازمان، يک ماه قبل تصميم گرفته بود از مقام خود کناره بگيرد و اقدام وی ارتباطی با استعفای آقای تنت ندارد.

هر دو مقام به خاطر ناکامی های اطلاعاتی سازمان سيا به خصوص ناتوانی آن سازمان در جلوگيری از حوادث 11 سپتامبر و فراهم کردن اطلاعات ناقص درباره دسترسی يا عدم دسترسی صدام حسين به سلاح های کشتار جمعی به شدت مورد انتقاد قرار داشتند.