شورای نگهبان اعلام كرد كه اين طرح دو فوريتی را مغاير با موازين شرع و قانون اساسی نشناخته است.

بر اساس مصوبه مجلس، كشف و تعقيب جرايم و اجرای تحقيقات و صدور قرارهای تأمين و بازداشت موقت می بايد مبتنی بر رعايت قوانين و با حكم و دستور قضايی مشخص و شفاف صورت گيرد و از اعمال هر گونه سلايق شخصی و سواستفاده از قدرت و يا اعمال هر گونه خشونت و يا بازداشت‌های اضافی و بدون ضرورت اجتناب شود

طرح نمايندگان مجلس، بر مبنای بخشنامه ای شکل گرفت که چند روز پيشتر، توسط رييس قوه قضائيه صادر شد و در آن به قضات، بازجويان و ضابطان قوه قضائيه دستور داده شده بود از شکنجه، اذيت وآزار يا تحت فشار گذاشتن متهمان يا بدرفتاری با آنها خودداری کنند. برخی ناظران، صدور بخشنامه توسط رييس قوه قضائيه را دليلی بر استفاده از شکنجه و زور در بازداشتگاه های ايران ارزيابی کرده بودند.

بر اساس اين مصوبه، كشف و تعقيب جرايم و اجرای تحقيقات و صدور قرارهای تأمين و بازداشت موقت می بايد مبتنی بر رعايت قوانين و با حكم و دستور قضايی مشخص و شفاف صورت گيرد و از اعمال هر گونه سلايق شخصی و سواستفاده از قدرت و يا اعمال هر گونه خشونت و يا بازداشت‌های اضافی و بدون ضرورت اجتناب شود.

طبق اين طرح همچنين شکنجه يا اذيت و آزار متهمان و بازداشت شدگان برای گرفتن اعتراف از آنها ممنوع اعلام است.

ساير مواد اين طرح نيز، جملگی بر رعايت حقوق شهروندان و بازداشت شدگان استوار است و در پايان نيز رييس قوه قضاييه موظف شده که هيئتی را به منظور نظارت بر حسن اجرای موارد اين قانون تعيين كند.

آيت الله احمد جنتی، دبير شورای نگهبان در نامه ای به مهدی کروبی، رييس مجلس اعلام کرد که اين مصوبه که با استفاده از بخشنامه رييس قوه قضاييه برای نظارت بر تشکيلات و امکانات موجود تنظيم شده، مغاير شرع و قانون اساسی نيست. البته شکنجه و اذيت و آزار متهمان و بازداشت بی دليل و طولانی مدت افراد، پيش از تصويب قانون جديد نيز در قوانين ايران منع شده بود.

در همين حال، شورای نگهبان در چهار سال گذشته، بارها به اين بهانه که طرح منع شکنجه مغاير قانون اساسی يا شرع است، از تاييد مصوبات مشابه خودداری کرده بود.