Roedd y tîm cartref ar y blaen wedi dau funud yn unig gydag asgellwr Cymru Leigh Halfpenny yn llwyddo gyda'i gic gosb.
Methodd Ronan O'Gara gyda chyfle i unioni'r sgôr dau funud yn ddiweddarach gyda chic gosb aflwyddiannus.
Ond Munster groesodd am gais agoriadol wedi 13 munud yn dilyn gwrthymosodiad gyda Keith Earls yn bylchu'n wych cyn i'r wythwr James Coughlan dirio.
Trosodd O'Gara yn llwyddiannus ac roedd yr ymwelwyr ar y blaen 7-3.
Caewyd y bwlch i un pwynt gyda gôl gosb lwyddiannus gan Halfpenny bum munud yn ddiweddarach
Ac roedd y Gleision un dyn yn brin o fewn eiliadau gyda John Yapp yn gweld y cerdyn melyn am daflu dwrn.
Cafodd tîm Dai Young eu cosbi ymhellach pan sgoriodd O'Gara gyda'r gic gosb i wneud hi'n 10-6 o blaid yr ymwelwyr.
Roedd y Gleision yn ffodus na arweiniodd rhediad grymus gan Felix Jones at gais arall gyda Niall Ronan yn gollwng y bel ar ôl derbyn y bas.
Cafodd y bwlch ei ymestyn i saith pwynt gyda O'Gara yn llwyddiannus gyda chic gosb arall cyn i Halfpenny fethu cynnig at y pyst.
Yn dilyn ffrwgwd rhwng y blaenwyr fe ddangosodd y dyfarnwr Alan Lewis gardiau melyn i Damien Varley o Munster ac eilydd y Gleision, Sam Hobbs
Ond ychwanegodd Halfpenny dwy gic gosb arall cyn yr egwyl ac roedd y Gleision yn ôl yn y gêm ac ar ei hol hi o 13-12.
Ronan O'Gara gafodd y cyfle i hawlio pwyntiau cyntaf yr ail hanner, ond roedd ei gic gosb yn un siomedig.
A'r tîm cartref aeth ar y blaen wedi 53 munud gyda'r eilydd Dan Parks yn llwyddiannus gyda gôl adlam.
Ond saith munud y bu'r Gleision ar y blaen fodd bynnag gyda O'Gara yn llwyddo gyda'r gic gosb rhwydd i adfer mantais ei dîm.
Ac fe lwyddodd Munster, gyda'u capten Paul O'Connell yn arwain drwy esiampl, i ddal ymlaen i sicrhau'r fuddugoliaeth.
Gleision: Chris Czekaj; Richard Mustoe, Casey Laulala, Dafydd Hewitt, Leigh Halfpenny; Ceri Sweeney, Lloyd Williams; John Yapp, Rhys Williams, Scott Andrews, Michael Paterson, Paul Tito (capt), Andries Pretorius, Martyn Williams, Xavier Rush.
Eilyddion: Kristian Dacey, Nathan Trevett, Sam Hobbs, Bradley Davies, Mamma Molitika, Tom Slater, Dan Parks, Jamie Roberts.
Munster: F Jones, D Howlett, J Murphy, L Mafi, K Earls, R O'Gara, C Murray, W du Preez, D Varley, T Buckley, P O'Connell (capt), M O'Driscoll, J Coughlan, N Ronan, D Leamy.
Eilyddion: M Sherry, M Horan, S Archer, D Ryan, P O'Mahony, P Stringer, S Tuitupou, D Cusack.
Dyfarnwr: Alan Lewis (Iwerddon)
