Yr ymwelwyr oedd wedi bod ar y blaen 12-10 ar yr egwyl diolch i gicio cywrain gan y maswr Dan Parks.
Gôl gosb Parks oedd wedi rhoi'r Gleision ar y blaen wedi pedwar munud yn unig o'r gêm yng ngrŵp 3.
Ond wedi cyfnod yn pwyso doedd hi ddim syndod i'r Seintiau sicrhau'r cais agoriadol wedi 20 munud.
Cyfunodd y mewnwr Ryan Powell gyda Paul Diggin cyn i'r asgellwr blymio yn y gornel i roi'r tîm cartref ar y blaen.
Fe drosodd Stephen Myler yn llwyddiannus ac roedd hi'n ymddangos mai dim ond mater o amser oedd hi cyn y byddai Northampton yn ychwanegu at eu cyfanswm.
Ond fe fanteisiodd y Gleision ar ddiffyg disgyblaeth gan y tîm cartref gyda Parks yn llwyddo gyda dwy gôl gosb i'r rhoi yn ôl ar y blaen.
Fe welodd James Downey gerdyn melyn am dacl uchel ar Tom James ac fe ymestynodd Parks fantais y Gleision i 12 pwynt.
Ond wrth i'r hanner ddirwyn i ben roedd y Gleision hefyd lawr i 14eg dyn gyda Taufa'ao Filise yn cael ei yrru i'r gell gosb
Gôl gosb lwyddiannus Myler oedd gweithred olaf yr hanner ac fe aeth y timau i mewn ar yr egwyl gyda'r Gleision ar y blaen 12-10.
Northampton fu'n rheoli wedi'r egwyl ac fe groesodd Chris Ashton am eu hail gais dau funud wedi'r ail ddechrau.
Fe droswyd y cais yn llwyddiannus gan Myler, dyma'n ychwanegu dwy gôl gosb at gyfanswm Northampton gyda chwarter awr yn weddill.
Roedd diffyg disgyblaeth gan y tîm cartref i arwain at Courtney Lawes yn cael ei yrru i'r gell gosb am ddeg munud ac fe ychwanegodd Parks ei bumed gôl gosb o'r gêm.
Fe orffennodd y gêm gyda'r ddau dîm yn brin o'u bachwyr gyda Gareth Williams a Dylan Hartley yn cael eu hanfon i'r gell gosb yn dilyn ffrwgwd.
Mae'r fuddugoliaeth yn golygu bod Northampton yn ymestyn eu mantais ar frig y grŵp, deuddeg pwynt yn glir o Castres dyma'n trechu Caeredin 21-16.
Northampton: Foden, Ashton, Clarke, Downey, Diggin, Myler, Powell, Tonga'uiha, Hartley (capt), Mujati, Lawes, Day, Dowson, Wood, Wilson.
Eilyddion: Sharman, Dreyer, Mercey, Sorenson, Clark, Dickson, Geraghty, Ansbro.
Gleision: Chris Czekaj; Richard Mustoe, Casey Laulala, Tom Shanklin, Tom James; Dan Parks, Richie Rees; Gethin Jenkins, Gareth Williams, Taufa'ao Filise, Bradley Davies, Paul Tito (capten), Maama Molitika, Martyn Williams, Xavier Rush.
Eilyddion: Rhys Williams, Scott Andrews, John Yapp, Michael Paterson, Sam Warburton, Tom Slater, Ceri Sweeney, Gavin Evans.
Dyfarnwr: Mr Romain Poite (Ffrainc).
