Aeth yr ymwelwyr i mewn i'r egwyl 6-3 ar y blaen diolch i ddwy gôl gosb Ben Blair i un Ronan O'Gara i Munster.
Daeth Tom Shanklin o fewn modfeddi i sgorio cais yn eiliadau cyntaf yr ail hanner, ond i'r tîm cartref aeth y cais hollbwysig pan groesodd Quinlan saith munud yn ddiweddarach.
Llwyddodd O'Gara i drosi, ac roedd y sgôr yn 13-6 pan ychwanegodd y maswr gôl gosb wedi 51 munud.
Sicrhawyd pwynt bonws diolch i drydedd gôl gosb Blair, ond llithrodd ei ymgais hwyr am gôl adlam heibio'r pyst.
Ac i' Munster aeth y gair olaf wrth i O'Gara lwydda at y pyst dau funud o'r diwedd gyda'i drydedd gôl gosb.
Munster: J Murphy; L Mafi, K Earls, S Tuitipou, D Hurley; R O'Gara, P Stringer; W du Preez, D Varley, T Buckley; M O'Driscoll, D O'Callaghan; A Quinlan, N Ronan, D Leamy (capt).
Eilyddion: M Sherry, D Ryan, J Hayes, P O'Connell, D Wallace, T O'Leary, P Warwick, B Murphy.
Gleision: Chris Czekaj; Richard Mustoe, Casey Laulala, Tom Shanklin, Gavin Evans; Dan Parks, Richie Rees; Gethin Jenkins, Gareth Williams, Taufa'ao Filse, Michael Paterson, Paul Tito, Mamma Molitika, Sam Warburton, Xavier Rush.
Eilyddion: Rhys Williams, Tom Davies, Sam Hobbs, Bryn Griffiths, Ben White, Tom Slater, Ceri Sweeney, Dafydd Hewitt.
Dyfarnwr: Alain Rolland (Iwerddon)
