Ond roedd y tîm cartref yn lwcus i osgoi colli yn y pendraw wrth i Jonathan Sexton wneud smonach wrth geisio mynd am gôl adlam o flaen y pyst yn yr eiliadau olaf.
Roedd hi'n noson i'w anghofio i faswr Leinster mewn gwirionedd ac yntau eisoes wedi methu trosiad a dwy gôl gosb weddol hawdd.
Daeth ei ymgais gyntaf at y pyst wedi chwarter awr ar ôl i'r canolwr Eoin O'Malley groesi am gais wedi cic uchel letraws gan y maswr.
Roedd Rhys Priestland eisoes wedi rhoi ei dîm ar y blaen gyda gôl gosb, ac fe ychwanegodd tair arall heb i'r ymwelwyr ymateb i agor bwlch o 12-5 wedi 55 munud.
Methodd Sexton dau gyfle eithaf syml i gau'r bwlch, ac fe fanteisiodd y Scarlets i'r eithaf wrth i Gareth Maule groesi am gais yn y gornel chwith.
Pasio slic ymysg yr olwyr greodd y cyfle, gyda Morgan Stoddart yn cael y bas dyngedfennol i ffwrdd cyn cael ei lorio gan Isa Nacewa. Crafodd trosiad Priestland heibio'r postyn o'r ystlys chwith.
Sgoriodd Fergus McFadden ail gais i'r ymwelwyr i gau'r bwlch i 17-10, ac roedd gwaeth i ddod i'r cefnogwyr cartref wrth i Shane Horgan orffen symudiad hyfryd ymysg yr olwyr pum munud yn ddiweddarach.
Llwyddodd Sexton y tro yma gyda'r trosiad i ddod a'i dîm yn gyfartal, ond roedd y Scarlets yn ffodus iawn pan lithrodd y bêl o afael y maswr wrth iddo anelu am gôl adlam a fyddai wedi cipio buddugoliaeth.
Mae'r ddau bwynt am gêm gyfartal yn mynd a'r Scarlets yn gyfartal ar 32 o bwyntiau gyda Munster ar y brig, ond y Gwyddelod sy'n aros ar y brig oherwydd bod ganddynt nifer fwy o fuddugoliaethau.
Scarlets: Dan Newton; Morgan Stoddart, Gareth Maule, Regan King, Joe Ajuwa; Rhys Priestland, Tavis Knoyle; Phil John, Ken Owens, Peter Edwards, Damian Welch, Dominic Day, Josh Turnbull, Johnathan Edwards, David Lyons (capt).
Eilyddion: Matthew Rees, Rhodri Jones, Deacon Manu, Rob McCusker, Ben Morgan, Martin Roberts, Stephen Jones, Scott Williams.
Leinster: Isa Nacewa, Shane Horgan, Eoin O'Malley, Gordon D'Arcy, Fergus McFadden, Jonathan Sexton, Eoin Reddan, Heinke van der Merwe, Richardt Strauss, Mike Ross, Leo Cullen (capt), Devin Toner, Rhys Ruddock, Dominic Ryan, Sean O'Brien.
Eilyddion: Tom Sexton, Jack McGrath, Clint Newland, Nathan Hines, Shane Jennings, Paul O'Donohue, Shaun Berne, Dave Kearney.
Dyfarnwr: Neil Paterson (Yr Alban).
