Roedd tîm Dai Young ymhell o fod ar eu gorau ar noson wlyb yn y brifddinas, ond buddugoliaeth gyfforddus oedd hi serch hynny.
Cais Casey Laulala oedd uchafbwynt y gêm wrth iddo we ei ffordd drwy amddiffyn yr ymwelwyr wrth ffug-basio ac yna ochrgamu heibio'r cefnwr yn urddasol.
Trosodd Dan Parks yng nghysgod y pyst, gan ychwanegu at ei gôl gosb gynnar i agor mantais o 16-3 ar yr hanner.
Ac yntau wedi agor y sgorio wedi pum munud, llwyddodd Fionn Carr gyda gôl gosb arall pum munud wedi'r egwyl i roi gobaith i'r ymwelwyr.
Ond ni ildiodd yr amddiffyn cartref yr un pwynt arall, a seliwyd y fuddugoliaeth yn y 10 munud olaf wrth i Parks a Leigh Halfpenny lwyddo at y pyst.
Gleision Caerdydd: Ben Blair; Leigh Halfpenny, Casey Laulala, Dafydd Hewitt, Chris Czekaj; Dan Parks, Gareth Cooper; John Yapp, Rhys Williams, Tafa'ao Filise, Bradley Davies, Deiniol Jones, Michael Paterson, Sam Warburton, Xavier Rush (capt).
Eilyddion: Kristian Dacey, Gethin Jenkins, Scott Andrews, Paul Tito, Andries Pretorius, Kristian Baller, Ceri Sweeney, Tom Shanklin.
Connacht: Gavin Duffy; Troy Nathan, Niva Ta'auso, Keith Matthews, Fionn Carr; Ian Keatley, Frank Murphy (capt); Brett Wilkinson, Adrian Flavin, Jamie Hagan, Michael Swift, Andrew Browne; Michael McCarthy, Ray Ofisa, Mike McComish.
Eilyddion: Dermot Murphy, Ronan Loughney, Rob Sweeney, Bernie Upton, Johnny O'Connor, Cillian Willis, Miah Nikora, Darragh Fanning.
Dyfarnwr: Andy Macpherson (Yr Alban)