Y tîm cartref oedd ar y blaen o 3-0 ar yr egwyl wedi gôl gosb gan Ronan O'Gara cyn i'w capten Doug Howlett sgorio'r cais agoriadol yn fuan yn yr ail hanner.
Ond fe darodd yr ymhelwyr yn ôl yn syth gyda Shane Williams yn rhyddhau Tommy Bowe gyda'r Gwyddel yn croesi am gais.
Ond y gwahaniaeth rhwng y ddau dîm oedd cyfraniad O'Gara gyda maswr Iwerddon yn cyfrannu 17 o bwyntiau at gyfanswm Munster.
Sgoriodd Richard Fussell gais hwyr i'r Gweilch ond doedd hynny ddim hyd yn oed yn ddigon i sicrhau pwynt bonws i'r ymwelwyr.
Munster: Felix Jones; Doug Howlett, Johne Murphy, Sam Tuitupou, Ian Dowling; Paul Warwick, Tomas O'Leary; Marcus Horan, Denis Fogarty, John Hayes, Donncha O'Callaghan, Donnacha Ryan, Alan Quinlan, Niall Ronan, Denis Leamy (capten).
Eilyddion: Damien Varley, Wian du Preez, Tony Buckley, Billy Holland, Peter O'Mahony, Peter Stringer, Ronan O'Gara, Danny Barnes.
Gweilch: Lee Byrne; Nikki Walker, Tommy Bowe, Andrew Bishop, Shane Williams; Dan Biggar, Jamie Nutbrown; Paul James, Mefin Davies, Craig Mitchell, Alun Wyn Jones (capten), Ian Evans, Jerry Collins, Marty Holah, Jonathan Thomas.
Eilyddion: Richard Hibbard, Duncan Jones, Adam Jones, Ian Gough, Ben Lewis, Rhys Webb, Gareth Owen, Richard Fussell.
Dyfarnwr: Neil Paterson (Yr Alban)
