Camgymeriad gôl-geidwad Caerdydd Peter Enckelman rhoddodd y gôl ar blât i ymosodwr Portsmouth saith munud cyn diwedd yr hanner cyntaf.
Roedd Kanu eisoes wedi methu cyfle euraidd i roi ei dîm ar y blaen pan darodd y postyn ar ôl mynd heibio Enckelman yn gelfydd.
Daeth cyfleodd gorau Caerdydd yn yr hanner cyntaf wrth i Paul Parry orfodi arbediad da gan David James, ac yna ergydiodd Kevin McNaughton heibio'r postyn.
Caerdydd orffennodd y gêm gryfaf, ond parhau i sefyll yn gryf wnaeth amddiffyn awdurdodol Portsmouth er mwyn sicrhau'r gwpan am y tro cyntaf ers 1939.
Roedd y gêm yn agored o'r chwiban gyntaf, a bu rhaid i'r ddau gôl-geidwad fod ar flaenau'u traed yn y funud gyntaf.
Enckelman oedd y cyntaf i gynhesu ei ddwylo i arbed ergyd hir Lassana Diarra.
Ond torrodd yr Adar Gleision yn syth i fyny ochr arall y cae gan orfodi James i adael ei linell i guro Parry i'r bêl yn y cwrt cosbi.

Parhaodd y chwarae i lifo o un pen i'r llall yn y chwarter cyntaf, gyda'r ddau dîm yn edrych yn beryglus.
Roedd James eto yn effro i arbed ergyd isel Parry gyda'i draed, a chafodd Sylvain Distin hanner cyfle wedi i Enckelman methu a delio gyda chroesiad i'r postyn pellaf.
Daeth dihangfa enfawr i Gaerdydd wedi 22 munud pan darodd Kanu ochr allanol y postyn o ryw dair llath allan.
Roedd yr ongl yn weddol gyfyng ar yr ochr chwith, ond mi ddylai'r Portsmouth fod wedi sgorio.
Ond fe wnaeth Kanu yn iawn am ei gamgymeriad saith munud cyn diwedd yr hanner i roi ei dîm ar y blaen.
Dim ond llathen o'r gôl oedd yr ymosodwr tro yma wrth i'r bêl ddisgyn yn garedig iddo ger y postyn agosaf ar ôl i Enckelman methu a gafael yng nghroesiad isel John Utaka.
Gorffennodd hanner cyffroes gyda Glenn Loovens yn rhoi'r bêl yn rhwyd Portsmouth, ond roedd y dyfarnwr eisoes wedi chwibanu ar ôl i'r amddiffynnwr defnyddio ei fraich i ennill y bêl.
Roedd Loovens yn y lle iawn yn ei flwch cosbi ei hun yn gynnar yn yr ail hanner i rwystro ergyd Kanu rhag dyblu mantais y tîm o Uwchgynghrair Lloegr.
Honno oedd unig foment nerfus Caerdydd yn yr ail hanner wrth iddyn nhw fwynhau y rhan helaeth o'r meddiant.
Gyda Robbie Fowler ddim digon ffit i gymryd ei le ar y fainc, daeth Aaron Ramsey a Steve Thompson ymlaen yn chwarter ola'r gêm ond parhau i sefyll yn gadarn wnaeth Portsmouth.
A Ramsey, y chwaraewr addawol 17 mlwydd oed, gafodd y cyfle ola'r i'r Adar Gleision, ond taflodd amddiffynwyr Portsmouth eu cyrff am y bêl i flocio'i ergyd.
Caerdydd: Enckelman, McNaughton, Johnson, Loovens, Capaldi,
Ledley, Rae (Sinclair 86), McPhail, Whittingham (Ramsey 61),
Parry, Hasselbaink (Thompson 70).
Eilyddion: Oakes, Purse.
Portsmouth: James, Johnson, Campbell, Distin, Hreidarsson,
Utaka (Nugent 69), Pedro Mendes (Diop 78), Diarra, Muntari,
Kranjcar, Kanu (Baros 87).
Eilyddion: Ashdown, Pamarot.
Cerdyn melyn: Hreidarsson, Kranjcar, Diarra.
Gôl: Kanu 37.
Torf: 89,874
Dyfarnwr: Mike Dean (Wirral).