Roedd Caerdydd ar y blaen wedi 90 eiliad gyda Whittingham yn rhwydo yn dilyn peniad Hasselbaink.
Yr ymosodwr o'r Iseldiroedd sgoriodd ail gôl Caerdydd naw munud yn ddiweddarach gyda tharan o ergyd.
Roedd Wolves yn siomedig ac ychydig iawn o gyfleoedd gafodd yr ymwelwyr i fygwth amddiffyn Caerdydd.
Ychydig cyn yr egwyl fe ddaeth ymosodwr Cymru, Freddy Eastwood ymlaen i'r maes fel eilydd ac fe gafodd gyfle gorau ei dîm.
Bu'n rhaid i'r golwr Peter Enckelman fod ar ei orau i arbed ergyd gan y Cymro.
Daeth Kevin Kyle yn agos i leihau'r fantais yn fuan yn yr ail hanner, gan fanteisio ar gamgymeriad gan Glenn Loovens.
Ond fe wnaeth Loovens yn iawn am ei gamgymeriad i rwystro ergyd Kyle ar y llinell.
Bu'n brynhawn prysur i golwr Cymru, Wayne Hennessey fu'n rhaid arbed cynigion gan Parry a Whittingham yn yr ail hanner.
Caerdydd: Enckelman, McNaughton, Capaldi, Johnson, Loovens, Rae, Whittingham (Sinclair 90), McPhail (Blake 90), Ramsey, Parry, Hasselbaink (Thompson 76).
Eilyddion: Oakes, Purse.
Cerdyn melyn: McPhail, Thompson.
Goliau: Whittingham 2, Hasselbaink 11.
Wolverhampton: Hennessey, Breen, Craddock, Foley (Gibson 63), Gray, Henry, Olofinjana (Eastwood 40), Potter, Kyle (Elliott 62), Bothroyd, Keogh.
Eilyddion: Rob Edwards, Stack.
Cerdyn melyn: Craddock, Gibson, Bothroyd.
Torf: 15,339
Dyfarnwr: Rob Styles (Swydd Hants).