Mewn datganiad ddydd Iau, dywedodd y swyddogion eu bod yn hapus gyda'r addewidion gan drefnwyr y Gemau bod yr holl gyfleusterau "mewn cyflwr addas".
Bydd y grŵp cyntaf o'r cystadleuwyr yn gadael am Delhi ddydd Sadwrn, gyda'r Gemau i agor yn swyddogol ar 3 Hydref.
"Bydd rhai o staff Tîm Cymru yn symud i'r llety nawr ac rydym yn edrych ymlaen at groesawu'n hathletwyr yn ystod y dyddiau nesa," meddai'r datganiad.
Codwyd amheuaeth ynglŷn â phresenoldeb Cymru yn dilyn pryderon ynglŷn â safon pentref y cystadleuwyr sydd wedi ei adeiladu yn bwrpasol ar gyfer y Gemau yn Delhi.
Yn wreiddiol yr oedd rheolwyr tîm Cymru, sydd wedi bod yn Delhi ers Medi 14, wedi datgan eu bodlonrwydd gyda'u cyfleusterau.
Ond penderfynodd y swyddogion ailasesu'r sefyllfa ar ôl i nifer o wledydd eraill feirniadu'r llety.
Daeth hyn wrth i'r BBC gyhoeddi lluniau o rai o'r cyfleusterau yn dangos ystafelloedd ymolchi budr, ôl traed anifeiliaid ar y gwelâu a gwaith trydanol heb ei orffen.
Safon glendid y pentref sy'n peri'r gofid mwyaf i dimau eraill, gyda rhai yn dweud bod y safle yn "afiach" a "chwbl anaddas ar gyfer fodau dynol".
Dwysau y gwnaeth y pryderon hynny pan gwympodd pont yn agos i'r brif stadiwm ddydd Mawrth gan anafu hyd at 23 o bobl.
Ac mewn datblygiad arall fe ddisgynnodd rhan o nenfwd yn y neuadd a fydd yn llwyfannu'r cystadlaethau codi pwysau ddydd Mercher.
Daeth pryderon ynglŷn â chyflwr pentref y cystadleuwyr i'r amlwg ddydd Mawrth wrth i swyddogion tîm Lloegr a'r Alban ddatgan eu hanfodlonrwydd.
Serch hynny, mae disgwyl i Loegr yrru eu cystadleuwyr cyntaf ddydd Iau ac mae'r Alban bellach wedi dweud eu bod hapusach gyda'r sefyllfa.
Ond mae un o brif athletwyr Lloegr, Phillips Idowu eisoes wedi tynnu allan gan nodi pryderon am ddiogelwch. Enillodd Idowu fedal aur yn y naid driphlyg yn Melbourne bedair blynedd yn ôl.
Dywedodd y Gweinidog dros Dreftadaeth Alun Ffred Jones ei fod yn fach iawn bod Tîm Cymru wedi penderfynu cymryd rhan yn y Gemau.
"Bu'n amser pryderus i bawb sydd ynghlwm wrth hyn i weld yr adroddiadau diweddar yn y cyfryngau o'r digwyddiadau yn Delhi ac er bod rhai problemau ar ôl, cafodd fy swyddogion eu cynghori y bydd y sefyllfa wedi'i ddatrys yn iawn ar gyfer dechrau'r Gemau ar y 3ydd Hydref," meddai mewn datganiad.
"Hoffwn longyfarch y rheini sydd wedi cael eu dewis ar gyfer Tîm Cymru. Byddaf yn ymweld â Delhi ar gyfer y seremoni agoriadol ac fel pawb arall yng Nghymru byddaf yn cefnogi'r tîm trwy'r Gemau. Rydw i'n dymuno pob hwyl iddyn nhw."
